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报告中的数据与自己验证数据不一致是为什么?

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浏览:- 发布日期:2016-10-08 09:06:19【

欧易的结题报告给到老师之后,老师会需要根据结果去验证自己想要的一些基因或者序列信息,但是有时会收到老师的反馈说网站信息与我们的结果不一样。这是为什么呢?现在为大家解释。

首先,不同版本的参考基因组数据库对应的序列、长度、编号以及注释信息等可能有所不同,我们会优先采用客户指定的序列作为参考基因组,在报告中也会写明分析所用的版本及链接,建议在后续验证时也采用相同的版本

例如水稻的参考基因组在Ensemble、NCBI均有,同一个基因的位置信息是不一样的,如下图所示:

图1:NCBI上基因Os06g0670000信息

图2:Ensemble上基因Os06g0670000信息

可以看出在NCBI版本该基因的位置是6号染色体的27749120-27756334,而在Ensemble上的位置是6号染色体的27749135-27756326,是有出入的。

其次,基因都是有方向的,存在反向转录的基因,但在参考基因组中为了保持染色体的完整性,反向基因的序列与实际基因转录方向的序列是反向互补的。因此,如果验证的时候如果查找不到,可以试着查找它的反向互补序列。如下图所示的两个基因:

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    【本文标签】:报告验证 数据验证 分子生物学 生物信息学
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