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当前位置:首页 » 新闻资讯 » 技术&解读&应用 » 单细胞ATAC-seq:道理能说千千万,不如落实真拼干

若干年后,人们在讨论单细胞ATAC-seq时,2018年一定是不容忽视的一个年份。

 根据Web of Science统计数据,2018一年ATAC-seq文章发表数目骤增至26篇,几乎达到前些年文章数目的总和。



另外一个重要的评价因素是, 10X Genomics于2018年年底正式推出了第一个商业单细胞ATAC-seq产品及实施方案。

在过去的一段时间内,关于单细胞ATAC-seq各种技术原理和高分文章的解读也随之而来,例如《10X Genomics单细胞ATAC-seq技术简介》。

 

道理能说千千万,不如落实真拼干!欧易生物在单细胞ATAC-seq方面,目前已经研发完成丰富的分析内容。小编在此仅通过10X Genomics官方提供的小鼠样本数据,为各位看官展示部分分析内容。

 

测序质控结果

基于10X Genomics官方cellranger-atac软件得到每个样本的质控报告,部分结果如下:

A:测序质量评估;B:有效细胞数;

C:插入片段统计;D:TSS富集分析

分析结果展示

Bulk ATAC-seq分析

对不同样本鉴定到的peak进行基因组区间分布统计,同时比较不同样本之间染色质开放位点差异,以及这些差异位点临近基因的GO和KEGG富集分析。

A:peak分布统计;B:Venn差异分析;

C:临近基因GO富集分析;D:临近基因KEGG富集分析

Motif注释分析

将鉴定到的染色质开放位点同转录因子数据库JASPAR关联,可以得知每个Motif注释的变异性,并且根据Motif注释结果进行样本聚类。

A:Motif可变性统计;B: Motif聚类分析

聚类分析

通过t-SNE直接对样本进行降维、聚类分析,可以分析样本之间的相似性,或分析不同批次之间的批次效应;通过无监督聚类,可以预测细胞的实际分群情况;同时可以将不同亚群的细胞同ImmGen数据库关联,进行细胞类型的鉴定。

A:样本聚类分析;B: 无监督聚类分析;C:细胞类型鉴定

深入挖掘分析

根据染色质开放性可以预测临近基因的调控网络,同时也可以预测细胞发育过程的动态变化。

A:Cis调控预测;B: 拟时序分析

单细胞ATAC-seq可进行的分析内容远远不仅上面的这些,而且每一种分析内容都可以通过多种算法获得最优分析结果。由于篇(lao)幅(ban)有(bu)限(rang),小编下次再和您一一道来。

最后,小编想对各位看官说:粮草已备,只待君征!

  

欧易生物是国内较早引进10X Genomics平台的机构之一,打造了专业的单细胞分析团队,积累了丰富的单细胞项目经验,同时也成功举办过多期广受好评的单细胞测序培训班。欧易生物期望助力各位科研工作者,期待与您合作。

 

END

本文系欧易生物原创

转载请注明本文转自欧易生物


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