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非常实用的序列存储和分析软件——Lasergene(part 3)

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浏览:- 发布日期:2016-06-02 09:27:00【

前面和大家简单介绍过Lasergene的序列存储和酶切方案分析的功能,今天来介绍一下,怎么使用该软件来进行序列比对。

MegAlign就是今天要介绍的序列比对软件。举个例子来说,如果你克隆了一个基因,想看看经过PCR扩增后的序列与理论序列相比存在哪些突变,是否会影响后续的过表达(比如引起了终止突变或错义突变等),这种情况下,你就可以将测序结果与理论序列进行序列比对,提前预知序列的突变情况。

第一步:打开软件。

非常实用的序列存储和分析软件——Lasergene(part 3)

非常实用的序列存储和分析软件——Lasergene(part 3)

第二步:导入理论序列与测序序列。

File——> Enter sequences——>选中目标序列——> 打开(或者Add)——> Done
几步就可以把两条序列导入了。

3非常实用的序列存储和分析软件——Lasergene(part 3)

第三步:序列比对。

Align——> By Clustal V Method(如果是三条序列,就选择W Method)

非常实用的序列存储和分析软件——Lasergene(part 3)

第四步:查看比对结果。

View——> Alignment Report就可以查看比对的详细结果了

非常实用的序列存储和分析软件——Lasergene(part 3)

上图就是我们看到的比对结果:红色代表是序列一致的部分,蓝色代表序列不一致的部分(缺失或突变),左边是两条序列的名称,可以对照查看突变情况。

PS:这是针对DNA序列的比对,如果你想直接转换成蛋白序列进行比对,就直接在首页选择Show as protein就可以了。详细的操作与前面一样,将具体比对信息展示出来就可以啦。

当然啦,序列比对的方法有很多,相关软件也多样化,这里只是介绍大家多一种方法,操作简单,结果直观易懂,大家可以操作试试看。

非常实用的序列存储和分析软件——Lasergene(part 3)

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