SEARCH
技术服务021-34781616

欧易生物

热门搜索关键词:转录组基因组甲基化酵母文库蛋白芯片

021-34781616

当前位置:首页 » 新闻资讯 » 技术&解读&应用 » 干货分享 | 10X Genomics单细胞ATAC-seq技术简介

前 言

18年年末,10X Genomics正式推出了单细胞ATAC-seq产品及实施方案,这是目前第一个成熟的单细胞表观基因组特征的商业化解决方案,为探索细胞发育的机理机制、深入了解疾病的诊断和治疗提供便利。


01

ATAC-seq技术

ATAC-seq(染色质开放性测序技术, Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是通过转座酶研究染色质开放性的高通量测序技术。众所周知,染色体绝大部分区域是紧密折叠的,仅有一小部分比较松散,而这部分松散(开放、易接近)区域往往是转录发生调控区域。ATAC-seq技术利用转座酶将接头序列插入在基因组的开放区域,然后通过高通量测序便可以获得转录因子等转录调控的关键信息。

02

单细胞ATAC-seq

单细胞ATAC-seq,顾名思义就是从单细胞水平上研究染色质开放性,已经被广泛应用于多个研究领域,例如:

03

单细胞ATAC-seq发表情况

根据Web of Science搜索“single cell ATAC”关键词获得的引文分析结果,从出版年统计可以看出18年单细胞ATAC-seq文章发表数目骤增。

从出版期刊统计(Top25)可以看出目前单细胞ATAC-seq主要发表在Nature、Cell等顶级期刊上。


04

10X单细胞ATAC-seq技术路线

首先利用转座酶孵育细胞核,形成片段化DNA;

其次利用“双十字”微流体系统形成单细胞核的GEM(Gel bead in EMulsion),此时每一个GEM中10X Barcodes序列是相同且特异的(Barcodes被密集连接在Gel bead上,通过Barcodes序列可以区分不同细胞核);

然后凝胶珠溶解,细胞核破裂,片段化DNA同10X Barcodes序列连接;

最后油层破裂,DNA片段释放出来,后续进行Illumina文库构建和测序,获得每一个细胞的染色体开放区域序列信息。

05

10X单细胞ATAC-seq技术优势

作为单细胞测序的一个重要里程碑,10X Genomics ChromiumTM实现了真正意义上的单个细胞测序。10X Genomics单细胞ATAC-seq技术和相关知识产权来自于收购Epinomics公司,而Epinomics公司是由ATAC-seq技术的主要创建者斯坦福大学医学院的教授Howard Chang等人创立的。10X Genomics单细胞ATAC-seq技术具有许多其他平台无法比拟的优势,例如:

结 语

欧易生物是国内较早引进10X Genomics平台的机构之一,打造了专业的单细胞分析团队,积累了丰富的单细胞项目经验,同时也成功举办过多期广受好评的单细胞测序培训班。欧易生物期望助力各位科研工作者,期待与您合作。

参考资料

https://en.wikipedia.org/wiki/ATAC-seq

https://www.10xgenomics.com/solutions/single-cell-atac/

END

安GeLA 撰文

本文系欧易生物原创

欢迎转发到朋友圈

转载请注明本文转自欧易生物


欧易生物

技术热线:021-34781616 咨询热线:4006-4008-26

上海市闵行区新骏环路138号5幢3层
service@oebiotech.com
欧易生物
欧易生物微信公众号
沪ICP备-050455 网站地图  Copyright © 2016 上海欧易生物医学科技有限公司 保留所有权利