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厉害了!生物云平台

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浏览:- 发布日期:2017-04-10 10:11:49【

《大话西游》中的朱茵说:“我的意中人是个盖世英雄他会踏着七彩祥云来娶我。”

云计算一词源自2006年8月9日,Google首席执行官Eric Schmidt在搜索引擎大会上首次提出了“云计算”(Cloud Computing)的概念。美国国家标准与技术研究院NIST对云计算是这样定义的:云计算是一种按使用量进行付费的模式,这种模式提供可用的、便捷的、按需的网络访问,使用可配置的计算资源共享池,共享池的资源包括网络、服务器、存储、应用软件、服务等,这些资源能够通过云计算平台快速提供给客户,只需投入很少的管理工作,或与服务供应商进行很少的交互。云计算分为公有云,私有云和混合云。简单的说:私有云就是自己家,自己和自己允许的人进来,一般不允许除自己以外的其他人使用。公有云就是收费景点,买了门票的都能进。混合云是将公有云和私有云进行混合和匹配,以获得最佳的效果,这种个性化的解决方案,达到了既省钱又安全的目的。

《陪你度过漫长岁月》世界上有一只最寂寞的鲸鱼叫ALICE。

我们的这条鲸鱼叫docker。

Docker,根据官网的介绍Docker是以DOCKER容器为资源分割和调度的基本单位,封装整个软件运行时环境,为开发者和系统管理员设计的,用于构建,发布和运行分布式应用的平台。他是一个跨平台,可移植并且简单易用的容器解决方案。Docker的源代码托管在Github上,基于Go语言开发,并遵从Apache2.0协议。Docker可以在容器内部快速自动化部署应用,并通过操作系统内核技术(namespace,cgroup等)为容器提供资源和安全的隔离。

DOCKER容器可以与很多平台结合,如京东的备战双十一的弹性云就是docker与openstack相结合;

网易蜂巢使用docker与kubernetes结合,Kubernetes是Google开源的容器集群管理系统,其提供应用部署、维护、扩展机制等功能,利用Kubernetes能方便地管理跨机器运行容器化的应用集群管理docker。

2016年9月,上海欧易生物医学科技有限公司和上海烈冰信息科技有限公司就联合开发生物云计算平台达成了战略合作协议。自此,欧易生物上空飘来一朵七彩祥云——生物云计算平台:它是一套集高性能计算,项目管理,生物智能挖掘框架为一体的整合分析管理平台,docker为生物分析提供弹性的计算资源,其中hadoop分布式计算框架,云计算底层技术全自主实现,并拥有样本管理,实验进程控制,权限控制等功能,更支持私有化部署方案,同时提供开放式API端口用于最新算法软件的安装。云平台可轻松解决数据管理、存储、分析的问题。

下面简单介绍欧易生物云平台的技术特点

基于dockerfile制作docker 镜像,用于各个模块的生物信息学分析:

例如用docker容器做转录组测序分析,复杂流程被分拆模块化,执行更高效有序。

使用hadoop的yarn调度系统

yarn是hadoop的第二代任务调度系统,当用户向yarn中提交一个应用程序后,yarn将分两个阶段运行该应用程序:第一个阶段启动ApplicationMaster;第二阶段由ApplicationMaster创建应用程序,为它申请资源,并监控它的整个运行过程,直到运行成功。

在docker和Hadoop的结合后,私有云管理起来更加便利,来自docker的容器ganglia能够监控所有节点的系统负载情况,模版做好后可一键运行分析任务,Hadoop的yarn调度系统更好更高效地调度,使分析任务有条不紊地运行。

直观的hadoop的任务监控

通过任务监控界面我们可以实时动态的了解到自己任务的运行状态,使用了多少cpu和内存资源,也可以清楚看到队列中的任务,这样我们投递和提交任务之后看这个地方就知道自己的任务运行状态。

HDFS分布式文件系统——“润物细无声”

Hdfs分布式文件系统较好的解决了IO读写压力。

普通的文件系统,当io读写压力大的时候,部分硬盘读写压力较大,出现爆红现象。

HDFS分布式文件系统的负载均衡策略:

从图片中可以明显看到hadoop的HDFS分布式文件系统将io压力平均分摊到服务器的每块硬盘,同时读写有效的缓解了IO的读写压力,进而提升整体性能。

图形化云计算平台

欧易生物的企业级私有云底层框架,独立开发了基因组转录组、微生物等特色分析模块数百个,整合分析流程数十个。分析任务模块化运行,一键选择开始分析,大大提升了项目运行效率。

借助docker私有云平台,欧易生物信息分析将为大家带来更优质的服务!

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