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如何在KEGG数据库中DIY标记感兴趣基因?

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浏览:- 发布日期:2016-05-19 11:24:00【


看官又见面喽,前期我们介绍了如何利用NCBI数据库搜索芯片上关注基因?这次我们再来看一下如何利用另一个强大数据库---KEGG数据库进行关注基因的DIY标记呢

表达谱芯片完成后,会进行组间差异筛选以及差异基因的KEGG(pathway)富集分析,有的老师会因各种原因,对初次分析结果进行调整或重新对感兴趣基因进行富集分析和标记pathway图中关注基因,老师一般会请小编本帮的生物信息分析团队协助完成。

尽管忆秋的小伙伴们已经竭尽所能啦,可对于急于利用结果的老师来说,还是不如自己做速度快哦,正所谓“一技在手,天下我有”呀~有没有这种感觉,下面我们就一起看看如何自己完成这个分析。

1. 需要整理关注基因的信息文本,整理方法如下:如果是芯片数据,又需要将上调基因和下调基因用不同颜色区分,在excel表格中整理两列,第一列是EntrezgeneID,第二列附上表示不同颜色的英文单词,例如上调基因用red标记,下调基因用green标记。如果不是芯片数据,也可以根据自己的需求将不同ID号后面附上不同颜色单词,用以在通路图中不同基因标记不同颜色。之后另存为“文本文件(制表符分隔)”格式文件(.txt)。

2. 打开KEGG数据库首页,链接如下:http://www.genome.jp/kegg/,如下所示:

点击“KEGG PATHWAY”字样链接,向下拖,可见如下界面:

点击“Search &Color Pathway”,得到如下界面:

在“Search against”选项中选择您需要标记基因的物种,点击“org”,输入物种的英文名字,会出现相应物种对应的3个字母缩写名称,选择即可。例如“Humansapiens(human)”,对应3个字母名称为hsa,在“Primary ID”选项中选择“NCBIGeneID”,之后点击“选择文件”这项,输入整理好的.txt文件,完成后,点击“Exec”选项提交即可,之后会出现关注基因都被富集到哪个通路的信息,具体比如下:

其中,红色标注下面所列基因名字是没有在数据库中搜索到相应信息的基因,说明对于这些基因在数据库中没有收入。将此页面下拉,会看到如下结果,即为感兴趣基因富集到的通路:

点击感兴趣的pathway,例如“pathway in cancer”,会看到如下图像:

其中,红色为上调基因,绿色为下调基因,蓝绿色为该物种所有基因。鼠标滑到有颜色标记的方框后会出现该基因的信息哦。

按照以上步骤就可以自己DIY富集或标注感兴趣基因,有没有觉得很简单并且实用呢?期待您的DIY结果哦~ 有的老师会问,这是分析批量pathway的方法呀,我只关注一个pathway,如何标记?请静等小编的下次分享哦~

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    【本文标签】:kegg kegg数据库 标记基因
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