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重磅升级 | 欧易无参转录组新版大揭秘!

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浏览:- 发布日期:2018-09-26 11:01:21【

前言

转眼间,负责欧易无参(de novo)转录组项目已有4年多,躬耕于这个领域积累了不少经验,同时也涨了不少科普姿势,不得不感叹生物的多样性:以前只听说过“狗尾巴草”物种,某天来了个“紫叶狼尾巴草”,脑中顿时出现了灰太狼摇着尾巴对着喜羊羊使坏的画面。连做项目内心都是喜洋洋的。

基本信息

这些年做过的无参转录组物种少说也上千了(不信请看下方词云)。都说历久弥新,用在我们身上那是妥妥的。

欧易始终专注于产品专业化的打磨,无参转录组升级版应运而生。

让我们且先看向两大升级亮点!

01

重磅!重磅!重磅!优化Trinity 拼接算法、参数

1)序列长度及数量指标:

  • Unigene条数减少30%-50%
  • N50提高60%-120%
  • 平均长度提高50%左右

2)BUSCO完整度:升级版结果最优,完整度最高,同时丢失率最低。

3)Reads和Unigene mapping率:将reads 比对回 Unigene,升级版平均比对率较旧版提高了8%~10%。

4)NR注释率:升级版注释率较旧版大幅提升,最高可达75%。

02

内容丰富度提升

1)增加BUSCO完整度评估BUSCO根据OrthoDB 数据库构建几个较大的进化分支单拷贝基因集,可以通过在近缘物种中的保守基因估测转录本完整性。图片见上方BUSCO图。

2)加入信息量更为丰富的KEGG level2除最常见的KEGG第3层级展示,常规报告中加入可同时展示KEGG level 1以及level2的分类结果及绘图。

3)增加转录因子注释(动植物)转录因子注释在转录层面也是重要信息,常规报告中加入该分析。一张图可同时展示所有Unigene、差异Unigene及上下调Unigene的转录因子家族注释结果。

4)增加植物抗性基因 (PRG) 数据库注释植物抗性基因 (Plant Resistance Gene, PRG)数据库包含超过112个抗病基因和104335个候选抗病基因。将总体、差异及上下调的PRG注释结果等清晰汇总在一张图中。

5)加入eggNOG 和Pfam数据库注释eggNOG数据库是国际上普遍认可的同源聚类基因群的专业注释数据库,对NCBI COG/KOG数据库进行了扩展,囊括了真核和原核生物信息

Pfam数据库是一系列蛋白质家族的集合,其中每一个蛋白家族都以多序列比对和隐马尔科夫模型的形式来表示。

6)加入差异基因topGO有向无环图topGO 有向无环图能直观展示差异表达 Unigene 富集的 GO 节点 (Term) 及其层级关系,同时也是差异表达 Unigene GO 富集结果的图形化展示。

7)增加差异基因互作网络STRING数据库是蛋白-蛋白相互作用关系的数据库,包括直接的物理相互作用和间接的功能相关性。该分析有助于从系统的角度研究疾病分子机制、发现新药靶点、鉴定功能关键基因等。

目前已加入到常规报告中

▲上图将差异基因的互作关系打分最高的top300对互作基因以网络图的形式展示,其中红色代表上调差异基因,绿色代表下调差异基因。

▲此外可通过聚类算法对互作差异基因进行cluster 聚类,不同cluster 用不同的颜色显示,如上图所示。

8)同蛋白组无缝衔接的CDS分析基于数据库比对及软件预测,得到Unigene CDS 区,并将其翻译成蛋白,蛋白序列可直接用于下游蛋白组的分析(欧易除了提供了专业的全组学服务,以及组学关联分析,衔接细节的考虑当然也不能少)

以上只是冰山一角的展示,看的再多也如隔靴搔痒。心动不如行动,赶紧联系我们,进行全新体验吧!

福利预告时间进化/比较转录组的研发升级也即将和大家见面,敬请期待!

- END -

麻辣双椒 撰文

本文系欧易生物原创

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