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直接在NCBI的GEO数据库查看表达谱数据

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扫一扫!直接在NCBI的GEO数据库查看表达谱数据扫一扫!
浏览:- 发布日期:2017-08-02 09:36:57【

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NCBI的GEO数据库是芯片数据的海洋,很多同学会在这里面找一些数据自己分析一下,为后续研究做些准备。这“很多同学”中的大多数需求都只是简单的想要找找不同样本/分组之间的差异,其实网站本身就提供了这样的功能,不需要把原始数据下载下来用某些专业的软件进行分析。小编今天以截图+说明的方式为大家简单介绍一下如何在GEO数据中找差异。(多图预警

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1. 首先进入NCBI主页:

2. 选择GEO Datesets:

3. 输入想要搜索的内容(此处以某文献中提供的GEO号为例,也可以搜某疾病、某组织、某物种等):

4. 点击Search后得到如下页面:

这里请注意:

这篇文献搜到的结果没有自带简单分析,如果是自带简单分析结果的,搜索出来的界面是这样的(此处直接搜的物种名):

可以看到,每个条目都是有图的,点击图片可以看到如下页面:

利用该页面可以选择用来比较的不同样本,查看差异表达谱。

下面介绍没有该结果应如何做简单差异分析。

5. 结合文献,可以看出第一个结果就是我们要找的,点开链接得到如下页面:

6. 点击

这个按钮,得到如下页面:

7. 点击Define groups并定义分组(此处以定义处理和对照为例)

8. 点选样本然后再点选分组,即可将样本加入该分组:

9. 将需要进行分析的所有样本加入分组后,就可以使用页面下方的分析:

10. 比如,不修改设置(即使用默认设置),点击Top 250,得到如下页面:

可以看到,上图结果是按照P值由小到大、自上而下排列的,给出了前250个结果。这就是默认设置下,差异最显著的前250个结果。

11. 根据给出的结果,您可以挑选感兴趣的差异转录本进行验证或设计下一步实验。

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