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转录组测序,您需要知道的……

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浏览:- 发布日期:2016-11-18 09:36:11【

转录组测序及分析技术可以解决新基因的深度发掘、低丰度转录本的发现、转录图谱绘制、可变剪接的调控、代谢途径确定、基因家族鉴定及进化分析等各方面的问题。凭借其检测范围广泛、方案设计灵活以及较高的灵敏度,成为了广大科研工作者备受亲睐的高通量测序技术之一。

转录组包括特定细胞或组织在某一时期内表达的所有RNA的集合,包括各种small RNA,lncRNA(long non-coding RNA)、circle RNA及mRNA等,因此做转录组测序理论上可以研究各种长度范围的RNA序列。

那么如此多的种类,老师们该如何选择呢?

1、根据不同的研究对象,需要选择相应的建库策略:

1)如果研究的是mRNA,则可以通过富集polyA的方式来调取mRNA,进行建库测序

(2)如果研究的是lncRNA或者lncRNA+mRNA,则可以通过去rRNA试剂盒去除rRNA后进行建库测序

3)如果研究的是circle RNA,则可以通过消化线性RNA,再去除rRNA后进行建库测序;

(4)如果研究对象是small RNA,则采用sRNA的建库策略,对18-40nt范围的sRNA进行切胶富集后建库测序

2、根据不同的研究目的,又可以选择不同的测序策略:

(1)如果仅仅想了解不同样品间基因或sRNA的表达差异,则选择SE(single end)测序即可,测序量10M reads以上;

(2)如果需要进行基因的可变剪切、挖掘新基因、对现有基因的注释进行优化、检测基因融合等结构方面的分析,则建议选择PE(pair end)测序测序量则根据物种基因集合的大小来决定。

3、基于转录组测序的主流研究手段:

(1)RNA-seq denovo,基于序列组装,用于从头构建某物种的转录本序列;

(2)RNA-seq resequencing,对于已有参考基因的物种,进行基因定量、基因可变剪切、基因融合、新基因检测等分析;

(3)lncRNA-sequencing,主要研究lncRNA的表达量,预测新的lncRNA及其功能。

(4)sRNA sequencing,主要研究和分析small RNA序列,特别是miRNA的表达情况,并预测novel miRNA,miRNA靶基因分析等。

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【本文标签】:测序 高通量测序 二代测序 转录组 转录组测序
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