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最全circRNA数据库资源汇总

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浏览:- 发布日期:2016-10-10 08:44:10【

环状RNA(circular RNA, circRNA)是一类存在几乎所有生物中的环形的RNA分子。目前,已经在人等模式生物中已经鉴定了成千上万的circRNA。研究发现,circRNA能够成为miRNA或RNA结合蛋白的海绵分子,可能在生理和疾病过程中发挥重要的功能。随着对circRNA研究的越来越多,已知的circRNA数据信息在快速增长,在这里我们整理了当前circRNA相关的数据库列表,希望对大家的研究有所帮助。

1.circBase[1],是一个通过收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circRNA信息:人(hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇(dm3)、矛尾鱼(latCha1)、腔棘鱼(latCha1)。该数据库最新版本发布时间为20141月。网址:http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息,可以快速查询相关circRNA信息;研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置,筛选自己所需要的circRNA数据。

2.circRNABase[2] , 该数据库通过整合已发表的circRNA数据,构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白(RBP)的互作网络。最新版本发布时间:2013年12月 。网址:http://starbase.sysu.edu.cn/mirCircRNA.php

3.Circ2Traits[3] ,是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系,构建了相互作用网络, 并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析;此外,将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上,并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。最新版本发布时间:2013年12月 。网址:http://gyanxet-beta.com/circdb/

4.circNet[4],利用464个RNA-seq测序数据,进行新circRNA预测及基因组注释,并计算已知的及新预测的circRNA表达情况,构建circRNA-miRNA-genet调控网络,以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间:2015年12月 。网址:http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

5.deepBase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因(人、鼠、果蝇、线虫等),并构建了最全面的circRNA的表达图谱。最新版本发布时间:2015年10月 网址:http://deepbase.sysu.edu.cn/

6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点,并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间:2015年12月网址:http://circinteractome.nia.nih.gov/

今天关于circRNA数据库的介绍就到这里,欢迎大家继续关注欧易生物,关注后续生物信息学相关知识介绍,谢谢!

参考文献:

1. Glazar, P., P. Papavasileiou, andN. Rajewsky, circBase: a database forcircular RNAs. RNA, 2014. 20(11):p. 1666-70.

2. Li, J.H., etal., starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA,miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seqdata. Nucleic Acids Res, 2014. 42(Databaseissue): p. D92-7.

3. Ghosal, S., etal., Circ2Traits: a comprehensivedatabase for circular RNA potentially associated with disease and traits.Front Genet, 2013. 4: p. 283.

4. Liu, Y.C., etal., CircNet: a database of circular RNAsderived from tranome sequencing data. Nucleic Acids Res, 2016. 44(D1): p. D209-15.

5. Zheng, L.L., etal., deepBase v2.0: identification,expression, evolution and function of small RNAs, LncRNAs and circular RNAsfrom deep-sequencing data. Nucleic Acids Res, 2016. 44(D1): p. D196-202.

6. Dudekula, D.B.,et al., CircInteractome: A web tool forexploring circular RNAs and their interacting proteins and microRNAs. RNABiol, 2016. 13(1): p. 34-42.

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