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简化基因组测序2b-RAD
2b-RAD技术(Wang et al, Nat. Methods, 2012)是指基于IIB型限制性核酸内切酶的简化基因组测序技术。通过对IIB型内切酶酶切基因组产生的等长tag进行高通量测序,可以大幅降低基因组的复杂度,同时不受有无参考基因组的限制,快速进行全基因组范围内大规模SNP标记的开发与分型。与传统的简化基因组技术RAD-Seq相比,2b-RAD技术获得的标记数目更多、分型准确率更高,可用于高密度遗传图谱构建、QTL定位、全基因组关联分析、群体进化研究、辅助基因组的组装、全基因组选择育种等。
欧易特色
不经过片段大小选择,技术重复度好
具有极强的灵活性,标签数目多少可控
标签长度一致,PCR时具有一致的扩增效率
根据每个客户的研究目标和内容灵活定制研究方案
共显性标记之外还可以开发显性标记
基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型算法iML,有效去除重复序列对分型的干扰
推荐测序模式
●  Hiseq X-Ten, PE150    ●  4 M reads/1 G基因组大小
案例展示
案例一   白灵菇遗传图谱的构建和基因组组装
研究背景
白灵菇是一种可商业栽培的蘑菇品种,越来越受到中国和其他亚洲国家的欢迎。但是由于其产量低、栽培时间长和对病害敏感等问题,导致白灵菇的商业利润非常低。因此,提高白灵菇的重要农艺性状是当前育种工作所需要的。分子标记辅助育种尚未应用到白灵菇,遗传图谱和物理图谱的构建,是遗传育种和分子标记技术的基础,能够大大加速育种工作进程。
研究内容
欧易生物携手中国农业科学院农业资源与农业区划研究所,采用2b-RAD技术对来源于白灵菇杂交菌株(H6PA X H6PB)的115个单核菌株进行遗传图谱的构建;然后对1株单核菌株进行de novo测序,将基因组scaffolds和遗传图谱相结合,辅助基因组scaffolds的拼接。最后,本研究对交配型位点A和B进行了鉴定。

2b

研究结果
1.平均每个样本获得1.1M高质量reads,平均测序深度49X,共获得1770个SNP标记,其中1711个SNP标记用于构建遗传图谱。遗传图谱共包括12个连锁群,1182个标记,图谱总长度为1073 cM,标记平均间隔1.0 cM。
2.白灵菇单核菌株489P1进行de novo测序(Hiseq2500, PE125),共获得500个scaffolds(≥500bp),组装基因组大小为40.83Mb,GC含量50.22%,与杏鲍菇基因组共线性高。
3.遗传图谱上的1151个SNP标记(97.4%)可以定位到78个scaffolds,覆盖整个白灵菇基因组的83.1%(33.9Mb),绝大多数SNP与物理图谱的共线性良好。
4.交配型位点A和B分别位于不同的连锁群,并在白灵菇基因组上被鉴定到。交配型B位点的5个可能的信息素受体和2个可能的信息素前体也被检测到。
5.这是白灵菇第一个遗传图谱与基因组de novo测序整合的研究,为白灵菇的分子育种工作提供了基础。
参考文献
Gao W, Qu J, Zhang J, et al. A genetic linkage map of Pleurotus tuoliensis integrated with physical mapping of the de novo sequenced genome and the mating type loci. BMC Genomics 2018; 19(1): 18-31. (IF: 3.729)

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