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甲基化DNA免疫共沉淀测序MeDIP-Seq

MeDIP-Seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing),即采用甲基化DNA免疫共沉淀技术,通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段,然后通过高通量测序可以以较小的数据量,快速高效地寻找基因组上的甲基化区域,从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。

甲基化DNA免疫共沉淀测序平台

Illumina HiSeq 4000

甲基化DNA免疫共沉淀测序技术特点

■ 高性价比:基于抗体富集的测序方法,数据利用率高
■ 检测范围广:能够覆盖整个基因组范围的甲基化区域
■ 精确度:定位甲基化富集区域

欧易特色

■ 优秀的建库质量:十年文库技术积淀,具有丰富的样品处理经验和建库经验
■ 完善的质控过程:可以提供从Reads、mapping结果到MeDIP-specific整套质控分析,确保数据准确性
■ 丰富的基础分析内容:从各个层面综合解析MeDIP-seq数据
■ 更个性化的生物信息分析服务:专业的生物信息分析团队,熟悉各种分析算法和软件;与客户充分互动,提供更多个性化分析思路和分析方案
■ 易读性强的数据报告:提供全面的数据及图形内容,同时撰写详细的软件使用手册,帮助客户更好的自行进行数据查看

甲基化DNA免疫共沉淀测序技术流程

甲基化DNA免疫共沉淀测序技术流程-欧易生物

技术参数

甲基化DNA免疫共沉淀测序技术参数-欧易生物

重要提示

基于抗体富集原理的测序研究方法,需要设置Input对照组,即以随机打断后不经抗体富集的基因组片段构建测序文库,在此文库基础上所获取的测序数据,用来扣除背景信号,以寻找基因组上真实的甲基化区段,排除假阳性的干扰。

案例展示

案例一:转录因子塑造新的甲基化谱-低甲基化

本研究采用全基因组重亚硫酸盐测序方法(BS-seq),对小鼠胚胎干细胞(ES)和神经元祖细胞(NP)进行分析,构建小鼠单碱基对精度全基因组甲基化图谱。该张图谱显示,小鼠基因组中大部分区域(89.4%)呈现高甲基化状态,小部分区域(6.5%)呈现未甲基化状态,另外还有一部分区域(4.1%)呈现出低甲基化状态 (LMRs)。对这小部分的低甲基化区域特征进行详细的分析,发现转录因子以一种定向的方式促成LMRs模式出现。如果没有这些转录因子的作用,DNA依然保持甲基化和紧凑包装。由此本研究提出了一种全新的表观遗传模式--转录因子介导的低甲基化调控模式。

甲基化DNA免疫共沉淀测序案例:转录因子塑造新的甲基化谱-低甲基化-欧易生物
图1. 甲基化与基因表达水平之间的关系

案例二:斑马鱼不同发育阶段的甲基化图谱分析揭示了甲基化的遗传方式

本研究探讨了斑马鱼精子、卵母细胞以及受精细胞发育过程中全基因组单碱基分辨率甲基化图谱,并分析了甲基化位点及其水平在胚胎生成中的变化规律,发现在斑马鱼受精卵的发育过程中,精子的甲基化图谱一直存在;而且从受精卵细胞的第五次细胞分裂开始,卵子的甲基化图谱便开始消失,表明斑马鱼早期胚胎的全基因组甲基化模式继承于精子而非卵母细胞。

甲基化DNA免疫共沉淀测序案例:斑马鱼不同发育阶段的甲基化图谱分析揭示了甲基化的遗传方式-欧易生物
图2. 斑马鱼不同发育阶段的甲基化情况

参考文献

[1] Stadler M, Murr R, Burger L, et al. DNA-binding factors shape the mouse methylome at distal regulatory regions. Nature, 2011; 480 (7378):490-495
[2] Jiang L,Zhang J,Wang J,et al.Sperm,but not oocyte,DNA methylome is inherited by zebrafish early embryos.Cell,2013;153(4):773-784