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ceRNA分析项目
ceRNA(competing endogenous RNA,竞争性内源RNA)能与其它RNA转录本竞争相同的microRNA,从而实现相互间的交流与调节,包括蛋白编码基因、假基因和长链非编码RNA。
ceRNA假说是基于近期一系列关于RNA转录本之间相互对话的研究而提出的。microRNA是长短约22nt的短链RNA,能够通过抑制目的基因的翻译或降解目的基因,从而反向调节目的基因的表达。ceRNA假说认为ceRNA通过与mRNA竞争相同的microRNA反应元件(MREs)从而调节转录本的表达。不管是否编码蛋白,对于RNA转录本来说,彼此都能竞争与microRNA的结合,互相调节,从而构成庞大的ceRNA网络(ceRNETs)。
用途
利用miRNA芯片数据,lncRNA/circRNA芯片数据,结合miRNA靶基因预测软件
寻找mRNA与lncRNA共同靶向的miRNA,构建ceRNA网络
前置分析条件
需要提供miRNA表达数据,lncRNA/circRNA表达数据,mRNA表达数据
需要提供对应的miRNA,lncRNA/circRNA, mRNA的序列
样本量不能少于6个
分析结果
·  miRNA_target
·  Correlation;
·  miRNA_target –filtered
·  ceRNA_score
·  ceRNA_score-filtered
·  ceRNA_network
Demo示例

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Demo结果解读
图中展示了mRNA与lncRNA共同调控的miRNA,其中红色点对应mRNA,
绿色点对应lncRNA,蓝色点对应miRNA,点的大小表示与周边联系的多少
案例展示
案例一  鉴别肺结核中circRNA的表达特征及构建ceRNA调控网络
研究背景
肺结核(PTB)是由结核杆菌引起的慢性疾病,对人类健康构成严重威胁。circRNA被认为在许多疾病的发病机理和发展过程中具有潜在的调控作用,然而,PTB中circRNA的表达模式和调控机理仍有待于研究。
研究内容与结果
苏州大学生物与基础医学学院老师采集3例肺结核患者和3个正常人的全血样品进行全转录组测序,筛选发现170个circRNA的表达量发生了显著性变化。作者阐明了肺结核中circRNA的表达特征,GO和KEGG功能分析发现,一些免疫通路如MAPK信号传导通路、癌症中的内吞作用通路出现富集。构建了肺结核中circRNA的ceRNA调控网络。

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                技术路线                                                              ceRNA调控网络

参考文献

Zhang X, Zhu M, Yang R, et al. Identification and comparison of novel circular RNAs with associated co-expression and competing endogenous RNA networks in pulmonary tuberculosis. Oncotarget.2017, 8(69):113571-113582. (IF: 5.168)



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