SEARCH
技术服务021-34781616

热门搜索关键词:转录组基因组甲基化酵母文库蛋白芯片

021-34781616

当前位置:首页 » 转录组研究 » Agilent表达谱芯片

表达谱芯片应用

通过比较基因的表达差异以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制是高通量研究的一个常用策略。

利用表达谱芯片能够快速得到基因表达谱的变化,广泛应用于生物学与医学的基础研究、

疾病诊断、新药开发、环境保护等许多方面。

Agilent芯片平台

欧易生物是已获得Agilent芯片认证的服务商

证书


技术特点

独特的喷墨原位合成技术

探针长度60 mer,可以兼顾灵敏性和特异性,使二者达到良好的平衡

由于采取长探针设计,有利于捕捉对生命活动有更重要意义的低丰度基因

灵活的定制方案,仅需基因组或EST序列,客户即可任意制作自己的芯片

平均CV<10%(MAQC:Nature Biotechnology, Sept,2006)

芯片具有良好的可重复性,相关系数R2>0.95(MAQC);

芯片数据结果与qPCR数据结果具有良好的相关性,相关系数R2>0.9。(MAQC)

Agilent芯片平台表达谱芯片技术流程

新建 Microsoft Publisher Document (2)

Agilent 表达谱芯片列表

部分芯片简介

Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression v3.0 Microarray 8x60K
该款芯片包含约26,083条Entrez Gene RNAs(unique)及30,606条lncRNAs(unique)。mRNA探针设计参照数据库为:RefSeq Build 66、Ensemble Release 76、Unigene Build 236、GenBank(Aug 2014)。 ncRNA探针设计主要来源数据库为:LNCipedia Version 2.1、Broad Institute Human lincRNA catalog(Nov 2011)、Broad Institute TUC transcripts catalog(Nov 2011)。
Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression v2.0 Microarray 8x60K
该款芯片包含32,584条Entrez Gene RNAs及约12,000条lincRNAs。 mRNA探针设计参照数据库为:RefSeq Build 50、Ensemble Release 52、Unigene Build 216、GenBank(Apr 2009)。 非编码RNA探针是Agilent和John Rinn实验室(隶属于麻省理工学院-哈佛大学博德研究所)共同设计的,基于数据库为Broad Institute Human lincRNA catalog( Nov 2011)、Broad Institute TUCP transcripts catalog(Nov 2011)。
Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression v2.0 Microarray 8x60K
该款芯片包含约27,122条Entrez Gene RNAs(unique)及4,578条具有相关研究信息的lncRNAs(unique)。 探针设计参照数据库为:RefSeq Build 66、Ensemble Release 76、Unigene Build 236、GenBank(Aug 2014)、RIKEN 3。
Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression Microarray 8x60K
该款芯片除涵盖39,430条Entrez Gene RNAs外,更涵盖16,251条lincRNAs。 探针设计参照的数据库为:RefSeq Build 37、Ensembl Release 55、Unigene Build 176、GenBank(Apr 2009)、RIKEN 3。
Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression v2.0 Microarray 8x60K
该款芯片包含约30,584条Entrez Gene RNAs(unique)。 探针设计参照数据库为:RefSeq Build 66、Ensemble Release 76、Unigene Build 236、GenBank(Aug 2014)。
Agilent Zebrafish Gene Expression v3 Microarray 4x44K
该款芯片包含了43,803个斑马鱼探针。 探针设计参照的数据库为: RefSeq (Release 38, Nov 2009)、Unigene (Release 117, Sep 2009)、TIGR ZGI (Release 17, Sep 2006)、Ensembl (Release 56, Sep 2009)、UCSC mRNA (genbank,Nov 2009)、Entrex gene (Dec 2009)、GO (Dec 2009)。
Agilent Xenopus Gene Expression v2 Microarray 4x44K
该款芯片包含了43,803个非洲爪蟾探针。 探针设计参考的数据库为:RefSeq (Release 35, May 2009)、TIGR (Release 10.1, Jul 2008)、UniGene (Build 86, Dec 2008)。
Agilent Drosophila (V2) Gene Expression Microarray 4x44K
该款芯片包含了43,803个果蝇探针。 探针设计参考的数据库为:UniGene (Release 54, Dec 2007)、TIGR (Release 11,Aug 2006)、FlyBase (Release 5.4, Dec 2007)、ENSEMBL (Release 48, Dec 2007)、UCSC dm3 (BDGP Release 5,Apr 2006)。
Agilent C. elegans Gene Expression v2 Microarray 4x44K
该款芯片包含了43,803个线虫探针。探针设计参考的数据库为:WormBase 188 (Mar 2008)、ENSEMBL (Release 49,Aug 2007)、UniGene (Release 37, Dec 2007)、RefSeq (Release 27, Jan 2008)、TIGR (Release 9, Sep 2004)、UCSC ce4 (Sanger W170, Jan 2007)。
Agilent Bovine Gene Expression v2 Microarray 4x44K
该款芯片包含了43,803个牛的探针。 探针设计参考的数据库为:RefSeq Release 34 (Mar 2009)、TIGR Release 12 (Sep 2006)、UniGene Build 93 (Sep 2008)、Btau 4.0。
Agilent Rabbit Gene Expression Microarray 4x44K
该款芯片包含了43,803个兔的探针。探针设计参考的数据库为:RefSeq (Release 29, May 2008)、UniGene (Build 11,Mar 2008)、Ensembl (Release 49, Feb 2008)。
Agilent Rice Gene Expression Microarray 4x44K
该款芯片包含了43,803个水稻的探针。探针设计参考的数据库为:National Institute of Agrobiological Sciences、RefSeq、GenBank 2007。

表达谱芯片分析流程

121

Agilent表达谱芯片技术参数

date

案例展示

案例一 肝癌中PFKFB3主要定位于细胞核且在细胞增殖周期中起重要调节

研究背景

肝癌是仅次于肺癌的第二大癌症,目前仍缺乏治疗肝癌的有效手段。PFKFB3在多种癌症中高表达且可以显著加快糖酵解的速度。有研究报道除糖酵解外,PFKFB3也定位于细胞核发挥调控功能(糖酵解主要定位于细胞质)。然而,PFKFB3在肝细胞癌中的调控作用尚不明确。

研究内容

欧易生物携手复旦大学中山医院,通过表达谱芯片探索肝细胞癌中PFKFB3的作用机制。作者发现PFKFB3主要定位于癌细胞的细胞核中,可以调控癌细胞的生长。过表达PFKFB3显示PFKFB3的表达量与肿瘤大小、生存率等密切相关;敲降PFKFB3可以抑制癌细胞的生长,导致细胞周期停滞和细胞凋亡。表达谱芯片分析发现沉默PFKFB3可以通过AKT/ERCC1通路抑制DNA的修复。此外,PFK15(PFKFB3的抑制剂)显著抑制了肿瘤的生长。

微信截图_20181022140627

图1-技术路线

微信截图_20181022140644

图2-KEGG分析显示PI3K-Akt信号通路出现显著富集

研究结果

1. K-M生存曲线分析发现,PFKFB3的高表达伴随着低生存率。WB实验发现肝癌细胞中PFKFB3高表达,表明PFKFB3在肿瘤的发展中起重要作用。

2. 敲降和过表达PFKFB3后细胞克隆形成能力、细胞增殖能力发生改变。将癌细胞种植到小鼠上观察癌细胞增殖能力和肿瘤大小,发现PFKFB3的表达促进了癌细胞增殖。
3. 采用丙酮酸钠作为细胞培养中的替代碳源以消除PFKFB3在糖酵解中的作用影响,对癌细胞的克隆形成能力、细胞增殖能力、细胞周期和凋亡水平进行检测,发现PFKFB3的高表达导致细胞周期停滞和细胞凋亡。
4. 敲降PFKFB3后利用表达谱芯片筛选差异基因,发现PI3K-Akt信号通路出现显著富集。IP实验表明AKT可以和PFKFB3物理层面互作,此外,AKT下游靶基因ERCC1表达发生显著性变化。表明PFKFB3的敲降通过
PI3K/ERCC1抑制DNA修复。
5. 加入PFKFB3的抑制剂PFK15发现PFK15可以抑制肝癌细胞的生长,表明PFKFB3可以成为肝癌的一个潜在治疗靶点。

参考文献

Shi W K, Zhu X D, Wang C H, et al. PFKFB3 blockade inhibits hepatocellular carcinoma growth by impairing DNA repair through AKT. Cell Death Dis 2018; 9(4): 428. (IF: 5.965)



欧易生物

技术热线:021-34781616 咨询热线:4006-4008-26

上海市闵行区新骏环路138号5幢3层
service@oebiotech.com
欧易生物
欧易生物微信公众号
沪ICP备-050455 网站地图  Copyright © 2016 上海欧易生物医学科技有限公司 保留所有权利