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Agilent aCGH芯片

Agilent aCGH芯片:专业的CGH研究工具,探针覆盖所有基因组,包括基因区域(内含子区、外显子区)、基因间区域以及对疾病研究相当重要的亚端粒区域(除重复序列外),因此,利用此平台进行CGH分 析具有敏感度高、准确度高、分辨率高的特点,与SNP芯片相比,实验数据可信度更高。

芯片特点

根据aCGH实验技术要求专一设计的优化探针,而非用其他SNP芯片替代探针;

探针同时涵盖基因组表达区与非表达区;

对已知疾病基因相关区域实行更高密度覆盖;

样品需求量低,仅需0.5ng基因组DNA即可进行实验;同时还可检测福尔马林固定的石蜡样品;

完善的数据处理软件(CGH Analytics software 3.2),简便易用;

可高解析度地检测DNA拷贝数变化,包括:纯合、杂合、缺失;单、多拷贝扩增;染色体不平衡易位;

Agilent覆盖全基因组的800万已验证的aCGH探针库,客户可以自由访问

可以根据自己要求,进行定制,还有针对特定区域的“zoom-in”探针设计,提供更高的分辨率。

 CNV agilent

Agilent aCGH芯片规格


芯片名称

芯片规格

探针间距

数据库

 Human Genome  CGH Microarrays

 1x1M

2.1 KB overall median probe spacing  (1.8 KB in Refseq genes)

UCSC hg18 (NCBI Build 36), March 2006

 2x400K

5.3 KB overall median probe spacing (4.6 KB in Refseq genes)

UCSC hg18 (NCBI Build 36), March 2006

 4x180K

13 KB overall median probe spacing (11 KB in Refseq genes)

UCSC hg18 (NCBI Build 36), March 2006

 8x60K

41 KB overall median probe spacing (33 KB in Refseq genes)

UCSC hg18 (NCBI Build 36), March 2006

 4x44K

43 KB overall median probe spacing (24 KB in Refseq genes)

UCSC hg18 (NCBI Build 36), March 2006

 其他物种aCGH芯片:

 Mouse Genome CGH Microarrays1M4*180K1*244K2*105K小鼠

 Rat Genome CGH Microarrays1M4*180K1*244K2*105K大鼠

 Chicken Genome CGH Microarray, 1x244K

 SurePrint G3 Bovine CGH Microarray, 4x180K

 SurePrint G3 Canine CGH Microarray, 4x180K

 SurePrint G3 Chimpanzee CGH Microarray, 4x180K猩猩

 SurePrint G3 Rhesus Macaque Genome CGH Microarray, 4x180K猕猴

 SurePrint G3 Rice CGH Microarray, 4x180K水稻

 Agilent 定制aCGH芯片

 Custom High-Definition CGH

Agilent aCGH芯片应用领域

 发现新的生物标记,可用于临床诊断、疾病的分子分型等

  研究肿瘤发生过程中伴随的基因变化,如染色体的畸变等

通过研究基因拷贝数目的变化,寻找新的原癌基因或抑癌基因

揭示生物体抗药性的机制及代谢过程中可能发生的基因组变化

Agilent aCGH芯片检测服务流程

 样品超声打断基因组

待测样品(Test)和对照样品(reference)基因组DNA样本超声剪切成低分子量片段

 荧光标记

对Test (Cy5)和reference(Cy3) DNA样品进行标记

芯片杂交

标记后的Test 和reference DNA样品混合、变性后与CGH芯片进行共杂交

图像采集和数据分析

使用芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数值型数据保存,

使用专业商用分析软件对原始数据进行分析运算

提供实验报告

包括详细的实验方法和芯片实验数据


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