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基因共表达网络

基因共表达网络描述

基于基因表达量数据,计算各个RNA之间的共表达关系,对共表达关系进行筛选,选取高相关性的关系对绘图,展示各个基因与周边的联系紧密程度。利用共表达关系网络图,可辅助寻找核心基因。

前置分析条件

客户的样本数量多于6个(每组不能少于3个),样本量较少的情况下,两组数据最好来源于同一份样本。

客户可选择参数

■ 图片文件(Network图),包括png,PDF格式;
■ Cytocape文件:可以cytoscape打开进行细节调整;
■ 文本文件:RNA-RNA之间的Degree,RNA-RNA之间的相关性,Pvalue。

Demo结果

基因共表达网络

Demo结果解读

结果展示了mRNA与mRNA/lncRNA/circRNA之间共表达的结果图,从中可以锁定一些与特定的mRNA均有共表达的RNA,从而寻找核心mRNA/lncRNA/circRNA,或者从已知基因推定lncRNA或者circRNA功能。

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