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lncRNA高级分析

lncRNA高级分析描述

利用lncRNA与mRNA芯片数据,计算每一个lncRNA与mRNA的Pearson相关性,利用GO,KEGG数据预测lncRNA的功能,结合lncRNA的位置信息,预测lncRNA的cis功能,结合转录因子数据库,预测lncRNA的trans功能。

前置分析条件

客户数据包含lncRNA数据以及mRNA数据。样本数量不少于6个;
限定物种:人,小鼠,大鼠(不能进行Trans分析)

分析结果

■ 每一个lncRNA与共表达的mRNA的共表达图谱;
■ 每一个lncRNA周边mRNA的cis调控精细作图;
■ lncRNA的功能预测;
■ lncRNA trans结果及Cytoscape Network。

Demo数据

1.lncRNA与mRNA共表达分析

lncRNA高级分析

lncRNA高级分析

利用lncRNAs与mRNAs标准化信号值计算二者之间的皮尔森相关系数并进行统计检验,corelation≥0.7且P≤0.05,则认为具有相关性。
每条lncRNA找到一组具有相关性的mRNA,利用其表达值进行无监督聚类分析后绘制热图。

2.lncRNA的功能预测(GO、KEGG)

lncRNA高级分析

lncRNA高级分析 lncRNA高级分析

3.lncRNA cis分析

lncRNA高级分析 

Demo结果解读


搜索lncRNA上下游300k范围内的所有编码基因,并与该lncRNAs具有显著共表达关系的基因取交集。这些在基因组上临近且表达模式上存在共表达的基因很可能被该lncRNAs所调控。图中横坐标为基因组位置,红色线条(点)标注lncRNAs的基因组位置;蓝色线条(点)标注编码基因的位置,rho值为该编码基因与LncRNA表达值之间的相关系数。

4.lncRNA trans分析

lncRNA高级分析 lncRNA高级分析

结合LncRNA共表达的mRNA,用超几何分布计算每个TF条目中差异gene富集的显著性,得到lncRNA --mRNA--TF对应关系,选取预测可信度最高的Top 200和Top 500个预测关系,对其中各个TF进行频次计数,利用lncRNA--mRNA--TF对应关系,进行可视化网络图的绘制。图中蓝色节点代表转录因子,红色节点表示LncRNA,绿色节点表示mRNA;点大小和其向外连线成正比,连线的粗细和统计结果中关系对出现的次数成正比。