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lncRNA芯片

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达。lncRNA芯片可以快速、高效地筛选出与疾病或特定表型相关的差异lncRNA,为人类疾病的发生、发展和防治提供理论依据。

欧易特色

信息全面

覆盖多个数据库的lncRNA信息、涵盖全面的lncRNA序列

物种丰富

包含人、大鼠、小鼠lncRNA芯片,其他物种可以进行芯片定制

可同时检测lncRNA和mRNA

可在一张芯片上同时对lncRNA和mRNA进行检测,挖掘二者之间的关联

产品质量有保证

欧易生物是Affymetrix和Agilent的双认证企业

案例展示

案例一  梗阻性黄疸大鼠模型中胸段脊髓的lncRNA表达特征分析

研究背景

脊髓中包含复杂的功能基因和长链非编码RNA,深刻地影响病理性疾病的发生和发展。尽管阻塞性黄疸在多种临床疾病中已有报道,但胸段脊髓中lncRNA表达模式仍有待于探究。

研究内容

欧易生物携手河北医科大学第二医院,共同探究阻塞性黄疸模型中胸段脊髓的mRNA和lncRNA的表达模式,其中mRNA和lncRNA的测序和分析工作由欧易生物完成。该文章利用lncRNA测序探究胸段脊髓中lncRNA表达特征,通过GO和KEGG富集分析对基因功能进行注释,研究了随着时间变化,阻塞性黄疸模型中胸段脊髓的mRNA和lncRNA表达模式特征。

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                                                                    技术路线                                                mRNA/lncRNA差异表达热图
1. 构建大鼠阻塞性黄疸模型,发现BDL组大鼠呈现黄色的耳朵、血清总胆红素水平升高。
2. 对实验组和对照组进行脊髓lncRNA测序,通过散点图和热图对结果进行特征分析,共筛选得到2800个差异mRNAs以及2033个差异lncRNAs,并对差异表达的mRNA进行GO和KEGG功能注释。
3. qRT-PCR验证差异基因的表达,挑选5个上调lncRNA和5个下调lncRNA进行验证,结果发现NONRATT002335和NONRATT018085的表达量显著上调,NONRATT025415、NONRATT025388以及NONRATT025409的表达量显著下调。
4. 对模型组14天和18天的lncRNA表达进行差异分析发现,NONRATT002335和NONRATT018085的表达量显著上调,NONRATT025415、NONRATT025388和NONRATT025409的表达量显著下调。

参考文献

Wang Q, Li Z X, Liu B W, et al. Altered expression of differential gene and lncRNA in the lower thoracic spinal cord on different time courses of experimental obstructive jaundice model accompanied with altered peripheral nociception in rats. Oncotarget 2017; 8(62): 106098-106112. (IF: 5.168)


部分芯片介绍

● OE Biotech Human WT lncRNA Microarray( Affymetrix)
欧易生物基于Affymetrix设计的人类lncRNA芯片,是一款WT系列的lncRNA芯片。芯片上Coding RNA探针源于HTA V2,覆盖了HTA V2高质量的探针区域,共计27134条Coding 基因,此外还包含63542条non-coding基因。LncRNA的数据来源于LNCipedia、Gencode non-coding database、LncRNAdb(Human Body Map lincRNAs)、BroadInstitute、Ensembl、Refseq、 NONCODEV4、GeneBank 等数据库。

● OE Biotech Human LncRNA Microarray v5.0 4×180K(Agilent)

欧易生物基于 Agilent G3平台设计的人类表达谱芯片,除包含36206条mRNA探针(数据来源于Agilent G3 V2 版本信息,涵盖了NCBI和Ensembl 中大部分已知基因转录本,包含19759条已知基因,8614条无Genesymbol信息的mRNA),更设计了 89459条lncRNA探针。LncRNA数据来源于NCBI、Ensembl、LNCipedia、NonCodeV4、lncRNAdb、Broad institute(Human Body Map lincRNAs)、GeneCode等数据库及相关文献。

● Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression v3.0 8×60K Microarray

该款芯片包含约26,083条Entrez Gene RNAs(unique)及30,606条lncRNAs(unique)。mRNA 探针设计参照数据库为:RefSeq Build 66、Ensemble Release 76、Unigene Build 236、GenBank(Aug 2014)。ncRNA 探针设计主要来源数据库为:LNCipedia Version 2.1、BroadInstitute Human lincRNA catalog(Nov 2011)、Broad Institute UCP transcripts catalog(Nov 2011)。

● Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0

该芯片可为您提供支持所有转录本异构体的全转录组分析。同时,针对超过40,000个非编码转录本的探针设计,还可帮助您对非编码RNA进行分析。数据来源于RefSeq、Ensembl、UCSC、MGC、NONCODE、lncRNAdb、Broad Institute、Human Body Map lincRNAs和TUCP catalog。

● OE Biotech Mouse lncRNA Microarray v2.0 4×180K(Agilent)

欧易生物基于Agilent G3平台设计的小鼠表达谱芯片,除了涵盖39,430条EntrezGene RNAs外,更涵盖了约51,302条 lncRNA,lncRNA数据库来源于NONCODE V3.0、Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding lncRNA( UCR)、lncRNAdb、ncRNA等多个数据库。

● Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression v2.0 8×60K Microarray

该款芯片包含约 27,122条Entrez Gene RNAs(unique)及4,578条具有相关研究信息的lncRNAs(unique)。探针设计参照数据库为:RefSeq Build 66、Ensemble Release 76、UnigeneBuild 236、GenBank(Aug 2014)、RIKEN 3。

● OE Biotech Rat lncRNA Microarray v2.0 8×60K(Agilent)

欧易生物基于Agilent G3平台设计的大鼠表达谱芯片,除了涵盖约30,000条EntrezGene RNAs外,更涵盖了约10,000条lncRNA,lncRNA探针是欧易生物和航天医学基础与应用国家重点实验室联合开发的,数据来源于该实验室大鼠lncRNA测序数据,及Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding LncRNA(UCR)、lncRNAdb、ncRNA等多个权威公共数据库。


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