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miRNA芯片

miRNA芯片应用

检测miRNA表达水平、差异miRNA筛选、差异miRNA靶基因预测

平台一 Agilent芯片平台

欧易生物是五年来唯一获得Agilent芯片认证的服务商

技术特点

■ FDA认定最优,特殊的颈环探针专利设计,保证只识别成熟miRNA
■ 高度灵敏,可识别一个碱基差异,检测下限<0.1amol
■ 样品需求量低,最低上样量只需100ng总RNA
■ 不需要分离miRNA,避免丢失及引起误差
■ 宽的动态检测范围,检测丰度跨5个log,有利于检测到更宽丰度范围的miRNA
■ 高重复探针,每个miRNA至少重复20次
■ 良好的实验表现,平均CV<10%,R2﹥0.99
■ 表达丰度低的血浆、血清、体液、外泌体等亦可检测

芯片介绍

miRNA芯片种类-欧易生物

平台二 Affymetrix芯片平台

欧易生物是Affymetrix基因芯片官方认证服务商

技术特点

■ 全面覆盖Sanger miRBase V20.0数据库,同时检测203个物种的30,424个成熟的miRNA,其中5,214个人、大鼠和小鼠的成熟miRNA,参考数据库为Sanger miRBase V20.0、snoRNABase和Ensembl(BioMart Export)
■ 3,770个探针用于检测人类、小鼠、大鼠的miRNA前体
■ 高灵敏度:miRNA浓度大于1.0amol时,检出率达94%
■ 高重复性:技术重复相关系数达95%
■ 检测动态范围为4个log

芯片介绍

miRNA芯片介绍-欧易生物

欧易特色

■ 完整的硬件系统:配备有芯片检测所需的所有仪器,包括杂交炉、扫描仪、2100样品质控系统等。
■ 完善的服务项目:可以提供miRNA芯片、测序、PCR Array和定量PCR等多种检测服务,已为上千位客户提供过相关服务。
■ 专业的技术操作人员:多年miRNA芯片实验的操作经验,具有丰富的样品处理经验和芯片经验。
■ 更个性化的生物信息分析服务:专业的生物信息分析团队,熟悉各种分析算法和软件;与客户充分互动,提供更多个性化分析思路和分析方案。

miRNA芯片分析流程

miRNA芯片分析流程-欧易生物

miRNA芯片技术参数

miRNA芯片技术参数-欧易生物

案例展示

案例一:子宫内膜癌miRNA机制研究[1]

欧易生物携手上海交通大学医学院附属国际和平妇幼保健院,对110名子宫内膜癌(endometrial carcinoma, EC)患者和22名非EC患者组织中TrkB的mRNA及蛋白表达进行检测,发现EC中TrkB的上调主要是在转录后水平。随后利用agilent miRNA芯片检测HEC-1B/HEC-1BshTrkB和Ishikawa/IshikawaTrkB细胞中miRNA表达情况,筛选得到了98个差异表达的miRNA,并采用miRNA靶基因预测软件预测可能会作用于TrkB的miRNA,最终筛选出miR-204-5p。通过细胞实验和动物实验证实了TrkB是miR-204-5p的重要功能靶基因,与EC细胞克隆形成、转移和侵袭相关。结合临床病例资料分析发现miR-204-5p低表达与肿瘤分期、淋巴结转移和低存活期相关。

miRNA芯片案例:子宫内膜癌miRNA机制研究-欧易生物
图1. 子宫内膜癌中差异表达的miRNA

案例二:子宫内膜异位症的miRNA biomarker研究[2]

子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆粘膜以外的其他部位引起的一种疾病,该病症虽为良性病变,但其具有与恶性肿瘤相似的转移和侵蚀特性。可导致不育,严重影响了患者的生命质量。为了找到能准确预测该疾病的biomarker,欧易生物携手北京协和医院,利用miRNA芯片对3例子宫内膜异位症组织和3例子宫内膜正位组织进行研究,结果发现27个显著差异表达的miRNA,结合已有文献数据和芯片数据,选择了6个miRNA对40例(20例病人,20例对照)样本进行了RT-PCR验证,结果发现3个miRNA与子宫内膜异位具有明显相关性,并在子宫内膜异位患者的血浆中下调。

miRNA芯片案例:子宫内膜异位症的miRNA biomarker研究-欧易生物
图2. 子宫内膜异位症中差异表达的miRNA

案例三: 老年性骨质疏松的关键分子-miR188[3]

骨髓间充质干细胞中骨细胞呈现年龄依赖性减少,并伴随着脂肪细胞分化倾向的增加,这种转化增加脂肪细胞的数量,减少骨细胞的数量,导致与年龄相关的骨缺失。欧易生物携手中南大学湘雅第二医院首先对年幼小鼠(3个月)和年老小鼠(18个月)的骨髓细胞进行流式分选后获得骨髓间充质干细胞,然后利用Agilent Mouse miRNA Microarray V19.0 8×60K (Agilent)对差异表达的miRNA进行分析,发现miR188在年老小鼠的骨髓间充质干细胞中的表达水平显著高于年幼小鼠。利用miRanda, PicTar和TargetScan三个数据库对miR188的靶基因进行预测,选择其中6个候选靶基因进行研究,发现过表达或抑制miR188后HDAC9和RICTOR的蛋白质水平显著下降或上升,而mRNA水平未发生变化,进一步的荧光素酶报告载体实验验证miR188直接作用于组蛋白脱乙酰酶HDAC9和MTOR复合体2的RPTOR非依赖性分子伴侣RICTOR。

miRNA芯片案例:老年性骨质疏松的关键分子-miR188-欧易生物 
图3. 年龄诱导骨髓间充质干细胞中miRNA188的差异表达

案例四 :miRNA与II型糖尿病[4]

前人研究报道发现高血脂症和II糖尿病人的血清中硬脂酸(C18:0)升高,但是硬脂酸升高是否会影响β细胞脂毒性未见相关报道。欧易生物携手哈尔滨医科大学利用miRNA芯片对相同状态的小鼠,分别喂食包含硬脂酸和软脂酸食物24w、正常饮食的小鼠进行了检测分析。结果发现受硬脂酸影响的miRNA有19个,其中miR-34a-5p变化最明显,并利用RT-PCR验证了此结果。通过一系列的功能实验,作者认为Perk可以通过调控P53、miR-34a-5p、以及miR-34a-5p靶基因BCL-2和BCL-W的表达来调控硬脂酸诱导的脂毒性,这些结果为各位科研工作者在硬脂酸诱导脂毒性的分子机制上提供新视角,同时也在分子水平上解析了II型糖尿病发展机制。

miRNA芯片案例:miRNA与II型糖尿病-欧易生物 
图4. miRNA芯片检测和RT-PCR验证

参考文献

[1] Bao W, Wang H, Tian F, et al. A TrkB-STAT3-miR-204-5p regulatory circuitry controls proliferation and invasion of endometrial carcinoma cells. Mol Cancer, 2013; 12: 155.
[2] Jia S, Yang Y, Lang J, et al. Plasma miR-17-5p, miR-20a and miR-22 are down-regulated in women with endometriosis. Human Reproduction, 2013; 28(2): 322-330.
[3]Li CJ, Cheng P, Liang MK, et al. MicroRNA-188 regulates age-related switch between osteoblast and adipocyte differentiation. J Clin Invest. 2015;125(4):1509–1522.
[4]Huimin Lu, Liuyi Hao, Songtao Lin, et al. Elevated circulating stearic acid leads to a major lipotoxic effect on mouse pancreatic beta cells in hyperlipidaemia via miR-34a-5p-mediated PERK/P53-dependent pathway. Diabetologia. 2016 Jun;59(6):1247-57.

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