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mRNA/miRNA-KEGG Network

mRNA/miRNA-KEGG Network描述

利用合适的算法预测miRNA靶基因,并对靶基因进行KEGG富集分析,利用基因的KEGG富集分析结果,分析客户感兴趣的KEGG与其对应的基因之间的Network,从中寻找出一些参与了多个KEGG的基因,为挑选候选基因提供辅助参考。

前置分析条件

需要提供miRNA芯片/测序以及mRNA芯片/测序结果,并需要指定感兴趣的通路信息。物种限定植物和动物。其他物种需要额外提供靶基因预测结果。

客户可选择参数

■ 图片文件(Network图),包括png,PDF格式;
■ Cytocape文件:可以cytoscape打开进行细节调整;
■ 文本文件:每个mRNA/KEGG的Degree,每个mRNA对应的KEGG。

Demo结果

mRNA/miRNA-KEGG Network

Demo结果解读


结果中显示差异mRNA与Pathway的关系,图中橙色方框代表Pathway,圆点代表mRNA(绿色为表达下调mRNA,红色为表达上调mRNA),节点大小与其周围的连线多少成正比。Pathway节点面积越大表明参与其中的差异mRNA越多,对生物学现象贡献较大。