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微生物基因组测序

利用PacBio读长长、Illumina测序准确率高的特点,采用PacBio三代测序数据结合Illumina二代测序数据,可以高 效进行微生物基因组的de novo组装。

微生物基因组测序技术优势

·读长超长:平均3-10Kb,最高可达30Kb以上
·直接对单个分子进行测序:有效避免PCR扩增偏好性、GC偏好性,保证序列的均匀覆盖

·同步测定碱基修饰:无需处理,直接实现各种碱基修饰的读取,包括4-mC、6-mA、5-mC、5-hmC

微生物基因组测序流程

微生物基因组测序流程-欧易生物

微生物基因组测序参数

样品要求

项目周期

测序策略

·样品总量:≥5μg DNA
·样品浓度:≥25ng/μl
·样品质量:OD
260/2801.8-2.0OD260/2302.0-2.2,主带大于50Kb

50个工作日

PacBio: 100X
Miseq PE150:
100X

案例展示


大肠杆菌基因组de novo测序(1)

本研究对大肠杆菌E.coli三个菌株( BL21、Bal225、DH5α)分别进行了基因组测序和de novo组装。对三个菌株分别利用PacBio、Miseq、IonTorrent进行测序和de novo组装,结果表明,PacBio单独组装所获得基因组contig数目最少、N50长度最大;而利用二代和三代测序数据的混合拼接,可以对基因组上的SNP实现有效鉴别。并且PacBio RS同步实现了三个菌株基因组5-mC碱基修饰的识别。

微生物基因组测序案例:大肠杆菌基因组de novo测序-欧易生物

参考文献

[1] Powers J, Weiqman V, Shu J, et al. Efficient and accurate whole genome assembly and methylome profiling of E. coli. BMC Genomics, 2013;14:675.

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