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微生物基因组测序
利用PacBio读长长、Illumina测序准确率高的特点,采用PacBio三代测序数据结合Illumina二代测序数据,可以高 效进行微生物基因组的de novo组装。
技术优势
读长超长
平均3-10Kb,至高可达30Kb以上
直接对单个分子进行测序
有效避免PCR扩增偏好性、GC偏好性,保证序列的均匀覆盖
同步测定碱基修饰
无需处理,直接实现各种碱基修饰的读取,包括4-mC、6-mA、5-mC、5-hmC
微生物基因组测序流程

微生物基因组测序流程-欧易生物

案例展示
案例一  大肠杆菌基因组de novo测序
本研究对大肠杆菌E.coli三个菌株( BL21、Bal225、DH5α)分别进行了基因组测序和de novo组装。对三个菌株分别利用PacBio、Miseq、IonTorrent进行测序和de novo组装,结果表明,PacBio单独组装所获得基因组contig数目较少、N50长度较大;而利用二代和三代测序数据的混合拼接,可以对基因组上的SNP实现有效鉴别。并且PacBio RS同步实现了三个菌株基因组5-mC碱基修饰的识别。

微生物基因组测序案例:大肠杆菌基因组de novo测序-欧易生物

参考文献
Powers J, Weiqman V, Shu J,et al. Efficient and accurate whole genome assembly and methylome profiling ofE. coli.BMC Genomics, 2013;14:675.



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