SEARCH
技术服务021-34781616

热门搜索关键词:转录组基因组甲基化酵母文库蛋白芯片

021-34781616

当前位置:首页 » 生物信息学分析 » 生存分析
生存分析
生存分析是对生存现象和响应时间数据及其统计规律进行研究,将事件的结果(终点事件)和出现这一结果所经历的时间结合起来分析的一种统计分析方法,生存分析与其他多因素分析的主要区别,就是生存分析考虑了观测结果出现的时间长短。
利用TCGA数据库,结合客户芯片筛选获得的mRNA/lncRNA/miRNA,分析mRNA/lncRNA/miRNA在TCGA对应癌症数据库中的表达量的高低与病人存活时间的关系,绘制K-M图。
前置分析条件
客户关注的癌症类型在需要在TCGA中存在
客户指定的分子需要包含对应的染色体位置
限定物种:人
分析结果
·  TCGA对应癌症病人的临床信息;
·  每一个分子对应的表达数据;
·  每一个分子对应的K-M生存曲线图
Demo示例

2

Demo结果解读
K-M分析结果显示,该分子的高表达、低表达与病人的总存活时间存在显著的相关关系,
其中图上Y轴表示累计生存率,X轴对应时间,共计样本数量406份,所用的统计方法为Logrank
案例展示
案例一  肝癌中PFKFB3主要定位于细胞核且在细胞增殖周期中起重要调节作用
研究背景
肝癌是仅次于肺癌的第二大癌症,目前仍缺乏治疗肝癌的有效手段。PFKFB3在多种癌症中高表达且可以显著加快糖酵解的速度。有研究报道除糖酵解外,PFKFB3也定位于细胞核发挥调控功能(糖酵解主要定位于细胞质)。然而,PFKFB3在肝细胞癌中的调控作用尚不明确。
研究内容与结果
欧易生物携手复旦大学中山医院,通过表达谱芯片探索肝细胞癌中PFKFB3的作用机制。作者发现PFKFB3主要定位于癌细胞的细胞核中,可以调控癌细胞的生长。过表达PFKFB3显示PFKFB3的表达量与肿瘤大小、生存率等密切相关;敲除PFKFB3可以抑制癌细胞的生长,导致细胞周期停滞和细胞凋亡。表达谱芯片分析发现沉默PFKFB3可以通过AKT/ERCC1通路抑制DNA的修复。此外,PFK15(PFKFB3的抑制剂)显著抑制了肿瘤的生长。加入PFKFB3的抑制剂PFK15发现PFK15可以抑制肝癌细胞的生长,表明PFKFB3可以成为肝癌的一个潜在治疗靶点。

2

技术路线

3

a)基于TCGA数据库进行K-M生存分析的结果;b,c)WB结果;d)定量验证结果;

e)癌和癌旁组织免疫组化实验结果;f,g)基于作者实验中心的OS和DFS的数据进行K-M生存分析的结果

参考文献
Shi W K, Zhu X D, Wang C H, et al. PFKFB3 blockade inhibits hepatocellular carcinoma growth by impairing DNA repair through AKT. Cell Death Dis. 2018, 9(4): 428. (IF: 5.965)

欧易生物

技术热线:021-34781616 咨询热线:4006-4008-26

上海市闵行区新骏环路138号5幢3层
service@oebiotech.com
欧易生物
欧易生物微信公众号
沪ICP备-050455 网站地图  Copyright © 2016 上海欧易生物医学科技有限公司 保留所有权利