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调控网络分析
基于各种调控关系(miRNA-mRNA,miRNA-GO,miRNA-KEGG,mRNA-GO,mRNA-KEGG, lncRNA-mRNA, TF-mRNA, STRING PPI Network等)构建对应调控网络图,挖掘网络中的调控关系,获取核心因子。
用途
展示各种调控关系网络,挖掘核心调控分子
1.STRING调控网络
Demo 示例

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Demo 结果解读
上图展示了基于STRING数据库的关系对重新绘图的结果,其中红色表示上调,绿色表示下调,点的大小表示与周边的联系多少,实线表示有实验证据支持这两个基因之间存在调控关系,虚线表示无实验证据支持,线条的粗细表示作用关系的强弱,关系越强,线条越粗。
2.lncRNA_mRNA_TF调控网络
Demo 示例

2

Demo 结果解读
上图展示了基于lncRNA 转录因子分析的数据绘图的结果,其中红色为lncRNA,蓝色为转录因子,绿色为mRNA,点的大小表达与周边联系的多少。
3.Pathway Network调控网络

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Demo 结果解读
上图展示了基于KEGG数据库的pathway关系对网络图,其中每个节点代表一个pathway,点的大小代表与周边联系的多少。
案例展示
案例一  三阴性乳腺癌中TRA2A通过调控可变剪切促进紫杉醇耐药性和肿瘤发展
研究背景
目前仍缺乏治疗三阴性乳腺癌(TNBC)的有效手段,其中,紫杉醇耐药是治疗主要的障碍之一。已证实选择性剪接的失调可能会导致肿瘤发展和化疗耐药。人类选择性剪接调控基因TRA2有两个旁系同源基因分别负责编码TRA2A和TRA2B,已有研究证明TRA2B与癌细胞存活和治疗敏感性有关,但TRA2A在肿瘤发展中发挥的功能尚不清楚。
研究内容与结果
欧易生物携手天津医科大学,对过表达TRA2A的细胞株和正常细胞株进行表达谱芯片筛选,发现抗性细胞株中TRA2A特异性高表达。分析结果中得到TRA2A调控的可变剪接基因有CALU、RSRC2和PALM。最终研究表明三阴性乳腺癌中TRA2A可以增强癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力。此外,验证TRA2A可以通过调控与癌相关的可变剪接基因RSRC2来增强乳腺癌细胞对紫杉醇的抗性的功能。

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技术路线

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A)TRA2A影响的可变剪切示例;B) TRA2A影响的可变剪切事件以及
C)正负调控百分比的统计分析;D) TRA2A影响靶基因的GO富集分析;
E,F)富集条目中的基因的PPI结果;G)靶基因中与癌症相关基因的GO富集分析;H,I) TRA2A过表达定量结果分析

参考文献
Liu T, Sun H, Zhu D, et al. TRA2A Promoted Paclitaxel Resistance and Tumor Progression in Triple-Negative Breast Cancers via Regulating Alternative Splicing. Mol Cancer Ther.2017,16(7):1377-1388. (IF: 5.579)


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