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1710月
【三代测序传】——三代转录组测序应用
在真核生物中,大多数基因都可以通过选择性剪接产生多种转录本,大大提高了基因组的蛋白质编码潜力[1]。来自相同基因的可变剪接产生的不同转录本可能具有显著差异,甚至拮抗作用[2]。短读长的RNA-seq不能跨越转录物的全长,难以整体表征转录本异构体的多样性[3]。 同种型测序(Iso-Seq)可以直接检测转录本的全长,消除了使...
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1710月
【三代测序传】——表观修饰检测
表观遗传修饰影响的生物学过程非常广泛,包括基因表达,宿主-病原体相互作用,环境反应,DNA损伤和修复[1]。表观遗传在继代遗传中也起重要作用。虽然已经鉴定了20多种类型的表观遗传和DNA损伤修饰,但大多数科学家只能使用间接检测方法研究一种类型的胞嘧啶甲基化。直接检测这些变化的能力对于了解DNA修饰对各种自然过程和疾...
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1710月
PPI网络图是什么,竟然比蜘蛛侠的蛛丝网还千丝万缕
PPI是protein-protein interaction的简称,即蛋白质与蛋白质的相互作用,蛋白质间的功能链接通常能够从编码它们的基因间的基因组相关性中推断,而相同功能所需要的一群基因趋向于显示相似的物种覆盖,通常定位在基因组(在原核生物中)上非常邻近的位置,并且趋向于参与基因融合事件。那我们怎么得到基因之间的相互关系呢? 小...
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1710月
ctDNA与肿瘤治疗的那些事
目前对癌症组织进行基因分型仍旧是癌症临床诊断和治疗的依据。然而传统获取癌组织的方式十分繁琐且会给患者带来十分巨大痛苦,导致癌症组织很难获取,这就导致许多肿瘤治疗方式的失效,特别是分子靶向药。 然而ctDNA的出现给现在肿瘤治疗带来了一股清风。就像上面我们提到的,ctDNA主要是肿瘤细胞破裂流出的DNA,并流入血液...
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1710月
【文献解读】转录组分析揭示爪哇香茅次生代谢途径的基因表达差异
实验材料 爪哇香茅,叶子和根部组织均于种植后四个月采摘,每个样本取三个生物学重复。 实验方法 1、RNA的抽提及文库构建(Illumina TruSeq RNA sample preparation v2 kit) 2、测序:MiSeq(叶子)、NextSeq(根部) 3、数据分析:对测序结果进行生物信息学分析 4、差异表达基因的验证 结果分析 1、转录组数据分析显示,共...
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1710月
【三代测序传】——三代测序研究焦点之动植物科学
加快作物、牲畜和工业生物技术研究;真正综合性探索基因组和转录组的遗传多样性。更深入地了解生物学特性背后的遗传学是解决许多农业,工业和环境挑战的关键因素。 SMRT测序提供了大型且高度复杂的植物和动物基因组中遗传多样性的完整视图,Sequel系统在这方面的应用十分广泛,能够为科学家们带来如下能力: 以更高的分辨率...
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1710月
文献快报-甘蔗全长转录组测序
? 最近BMC Genomics杂志上发表了一篇很经典的三代全长转录组测序文章,系统地展示了整个全长转录组测序的流程。文章中同时进行了二代和三代转录组测序,作者也将二者数据进行了统计对比,三代全长转录组测序的优势十分明显。 ? 背景 甘蔗是一种在食用和能源方面都很有价值的一种经济作物,但还没有参考基因组可用。目前大多...
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1109月
测序儿女多奇志,不爱红妆爱组装
在信息科技欠发达的早期,科学家们发明了引物步移技术,以上一段读长末尾已知序列为参考,设计下一段测序引物,通过步步为营的方式获得整段序列。为了提高工作效率,生物领域的科研工作者们采用了类似计算机领域的分治法思想,将整个基因组分割成多个小的片段,分别测序这些片段后,再将已知片段拼接。 分割的方式有多种,有...
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1109月
【三代测序传】——靶向捕获方面的更多应用
人HLA鉴定 项目规模灵活(例如通过外显子2、3和/或4、或者整个HLA基因的相位进行调整); HLA基因SNP差异区域具有等位基因特异性的多态性; 实现无插补等位基因分离; 检测5’UTR,内含子和3’UTR内调节区的变异; 充分表征多克隆样品中的微小变异,如癌症或转录物; 无需参考基因组,可获得新的...
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1109月
重磅:2017年自然指数正式出炉!
8月31日,英国自然出版集团正式更新了2017年自然指数(统计时间节点为2016.1.1至 2016.12.31)。中国内地共有71家科研机构位列全球前500位,其中内地高校46所。 2014年11月,自然出版集团首次以全新的“加权分值计数法”(WFC,weighted fractional count)指数方式发布了全球“自然指数”。自然指数的...
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1109月
高冷的科学数据也能如此优美的展示 – Circos简介
Martin Krzywinski 最早开发了Circos,他不仅是一名生物信息科学家,同时也是一位优秀的专业摄影师。科学与艺术的双重造诣使得 Circos 不仅具备完善的数据可视化功能,优美的展示方式也是Circos的一大特色。 强大的功能,丰富展示方式虽是Circos相较于其他软件的优点,但也它的缺点,因为这使它比其他软件更难于上手。另外,...
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1109月
【三代测序传】——复杂种群研究
鉴定病毒种群 具有独特单倍体混合物的去卷积; 跟踪病毒种群的进化和系统发育; 鉴定和量化微小的变异; 完整装配大型病毒基因组。 病毒存在于每个个体的复杂混合物中,并且对该群体内每种病毒变体的分辨能力对于了解进化、耐药性突变的发展和免疫逃逸至关重要。鉴于共存的分离物可能只会通...
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1109月
扩增子测序简介
概述扩增子测序是一种高靶向性方法,用于分析特定基因组区域中的基因变异。PCR产品(扩增子)的超深度测序可以有效地识别变异并对其进行特征分析。总体思路是靶向地捕获目标区域,然后进行新一代测序(NGS),分析测序结果,得到相应信息。 扩增子测序主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等。采...
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2808月
【三代测序传】——人生物医学研究中的捕获测序
在整个基因上有明确的相位多态性(序列/片段组装清晰); 通过STR和基因内的其他低复杂度区域进行序列分析; 检测常见的或新的结构变异,并精确定位断点(Breakpoint); 完全表征多克隆样品中的微小变异。 有针对性的测序通过将数据收集集中在最相关的基因组区域以优化资源利用,但是如果没有捕获到您需要的信息,...
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2808月
大神教你零基础绘制3D动态Network图
还在为Cytoscape网络图的绘制心塞吗?还在因为关系对太多调图烦恼么?是否觉得2D网络互作图不够炫酷?读书少了吧,读书少了该好好听讲!下面请听大圣为大家开讲。 您只需要一台电脑,可Windows也可Linux,然后只要您安装了R软件即可。(不会安装R?没关系,欧易每月一次的小语言培训班火热报名中,名额有限,各位老师们快快...
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2808月
【三代测序传】——动植物研究中的捕获测序
有效地复用大型扩增子以快速筛选和鉴定变异; 发现用于改良多倍体育种的单倍型特异性标记; 准确重新组装整个基因区域(几M大小)进行基因连锁研究; 确认转基因插入位点并验证基因编辑事件; 研究含有相关信息的区域来确定进化或驯化历史; 捕获不同大小的完整基因,便于基因调查中进行灵活高效的实验设计。...
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2808月
早期非小细胞肺癌的cfDNA突变检测
在文献解读之前,首先来科普几个概念。 cfDNA: cell free DNA的缩写,指游离于细胞外的DNA。对于健康的人来说,血液中的cfDNA主要来源是体细胞正常的新陈代谢,应该维持在一个较低的水平。当有严重的系统性器官损伤(肿瘤形成)时,血液中的cf DNA含量增加,甚至在肿瘤形成早期即可以被检测出来,这对于临床检测具有重要意义...
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2808月
【三代测序传】——微生物学和传染病研究中的捕获测序
解决病毒或宏基因组样本中的复杂群体; 确定多重插入噬菌体元件的顺序和方向; 目标区域在宿主生物体内——研究病毒整合和整合位点; 整个目标区域内的相位变化; 进行复合多轨迹序列分型(Multiplexedmulti-Locus Sequence Typing,MLST)。 靶向测序可以让您专注于微生物基因组中的特定区域,减少研...
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2108月
【三代测序传】——微生物全基因组SMRT测序
获得金标准的参考基因组数据; 重建完整的基因和基因簇; 阐明可移动成分在耐药和传播中的作用; 评估DNA修饰对发病机制的影响。 尽管二代测序已经极大减少了微生物基因组测序的成本,但由于二代测序本身的一些技术瓶颈,这方面我们获得的数据一般只能绘制微生物基因组草图,不够精确;另外基因组拼接的问题也挑战...
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2108月
我和生物信息
在他屁股后追了好久,本文作者才在不胜烦扰下答应小编分享自己的感悟和思考。小编曾在他的博客下浏览过,三四百篇生信运行和学习过程中整理的笔记和小结,实用且简练,积少成多,令人惊讶和叹服。从数学专业转到生信行业近十年,平常比较深沉和规律,他说他只会写编程,不会写文章。我说没关系,想到什么写什么就好。下面就...
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