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2107月
【三代测序传】——— 大猩猩基因组组装
? 从今天起,我们的三代专题微信文章进入应用案例展示阶段,小编会为大家挑选一些三代应用领域中的代表文献并做简要解读,方便大家了解目前三代测序的科研应用。 ? 通过三代专题前面几篇文章的了解,大家现在应该都知道,三代测序最大的特点就是长读长,非常适合进行大基因组的组装研究。 高品质参考基因组对营养作物,健康...
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2107月
高通量数据分析-PCA分析
定义 PCA【1】是一种数据降维的方法,通过正交线性变换,将高维相关度较大的数据,转换为低维正交的新的数据。低维数据往往根据包含的最大方差的比例的多少,由大到小分别称为第一主成分,第二主成分,第n主成分。 与高通量数据相结合 对于转录组来讲,通常各个基因之间是存在调控关系的,那么这些基因的数据之间是存在相...
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2107月
标准肠道菌群 -“Normal“for the gut microbiota
? Everybody knows,肠道微生物的组成和结构对人体健康十分重要,学界也针对人类肠道微生物做了很多研究。只不过这些研究大多是针对某些疾病的,也就是通常聚焦于“不正常”的样本进行研究。那么,“正常”(Normal)的,或者说一般人的肠道微生物组成是什么样的呢?最近就有一篇研究报道针对该问题进行...
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2107月
辅助组装测序技术的那些事儿——Hi-C
基因组组装和拼接质量是一切基因组后续分析的前提。无论是Sanger测序、二代测序或者三代测序完成的基因组,都很难将基因组组装到染色体水平。那么在原有的测序技术之上,还有那些技术可以辅助组装呢? 什么是? Hi-C( Chromosome conformation capture, 3C)又称3C,是2009年由Job Dekker研究团队首次提出【1】,并利用该技...
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2107月
【三代测序传】——三代测序仪实机图
多图预警? 三代测序仪看起来就是这个样子的: 嗯,曝一下三维(????): 打开显示屏下方的黑色盖子之后,就露出了Sequel仪器的内部操作平台: 这里是将试剂加入仪器的地方(所有的试剂都有NFC标签,所以机器知道相应位置都接入了什么试剂): 这里插入的试剂管分别为SMRT Cell Oil和OS Enzyme(都是试剂盒的一部分): 这...
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1207月
前世今生 ? BSA 终章
原文 Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement[J]. Plant biotechnology journal, 2016.Perspectives BSA既有前面讨论的一些优势,也存在一些限制。尽管BSA已经广泛应用于遗传学和基因组学研究,但其主要集中在主要基因控制的相对简单的性状上。对于由具有不同效应的基因...
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1207月
如何查找基因上的SNP位点
在医学文献中,经常会发现以基因名+突变信息命名的SNP,如UGT1A9*3 98TC,如果我们要找到这个在染色体上的位置、对应的rs编号、或者要提取序列进行sanger测序验证时,这样命名的突变位点就很难查到对应的信息。 此时,通过dbSNP详细的注释信息,也能找到这个位点,虽然命名形式不同。 先打开dbSNP,检索要找的基因: https:...
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1207月
【三代测序传】——分析流程及内容
分析流程 下图是三代基因组测序的分析流程: 下图是全长转录组测序的分析流程: 分析内容 三代基因组分析 三代基因组测序的特色研究内容主要包括:基因组从头测序(De novoGenome Sequencing)、基因组组装升级、基因组结构变异分析、16S/18S/ITS 等扩增子测序、细菌De novo测序、真菌De novo测序、宏基因组测序、小基因组...
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1207月
【文献解读】猪肠道微生物菌群的差异及早期抗生素干预时他们的变化
实验材料 仔猪;抗生素(喹乙醇、土霉素钙和吉他霉素) 试验方法 仔猪的喂食(分为对照组和实验组,实验组从第七天开始喂食含有抗生素的食物,直至第42天); 猪胃肠道的分割(胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠)及其消化物的收集与保存(-70℃); DNA提取(酚-氯仿法);16S rRNA基因扩增;Illumina MiSeq(2&time...
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1207月
原来转录过程这么不规矩!——可变剪接
? 如大家所知,RNA是由DNA转录而来的。然而,作为一个转录本来源的DNA转录区域却不一定是由某个连续DNA片段提供的,其中甚至可能有间隔DNA转录区的交叉,不同区域不同顺序的转录产物共同组成一个转录本,极大增加了DNA产生RNA的复杂度。高通量测序和表达谱芯片可以检测这种非常有意义的转录本剪接,今天小编就带大家简单了解...
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1207月
【外泌体专题】——专题收尾总述篇
外泌体(exosomes)是一种能被机体内大多数细胞分泌的微小膜泡,具有脂质双层膜,直径大约为 30-150 nm。外泌体广泛存在并分布于各种体液中,包括血液、眼泪、尿液、唾液、乳汁、腹水等。外泌体携带大量特异性的蛋白质和功能性的miRNA,参与了细胞间物质和信息的传递,形成了一种全新的细胞间信息传递系统,外泌体参与了肿瘤...
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1207月
【微生物专题】——ITS/18S测序之 - FUNGuild功能分类看了你就会
小伙伴们大家好,非常高兴与大家认识,希望以后能与大家成为好朋友。 对了,告诉大家我叫Conocybe apala,翻译成中文是乳白锥盖伞,你可以叫我阿白(我更喜欢)。 我听到了,你们很想看看我玉树临风的身姿(哈哈哈),上面就是我的照片~ 是不是很帅!(这只是我多种形态的一种) 好了,正如大家了解的,我是锥盖伞家的属于...
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1207月
【三代测序传】——三代建库
技术流程 下图是三代基因组测序技术流程示意图: 下图是三代全长转录组测序技术流程示意图: 上机之前有样品准备和建库两个步骤,今天我们就来了解一下SMRT建库当中的内容。SMRT 建库 文库制备 材料:全基因组 DNA,或者 cDNA,或者目标扩增产物; 片段化: 全基因组太大,仍然需要片段化,但因为测序读长很长,所以可以做...
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0307月
三代测序揭示向日葵基因组花期与油脂代谢关键基因
向日葵(英文:Sunflower,学名:Helianthus annus)是一种全球性的油料作物,基因组大小约3.6G。近期法国卡斯塔内托洛桑国家农业研究院的Nicolas Langlade及同事通过纯三代基因组测序(PacBio RS II platform,102×)总共组装得到13,957contigs,覆盖全基因组大小的80%。利用4个高密度遗传图+1个物理图谱,构建出了1...
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0307月
前世今生 ? BSA (八)
原文 Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement[J]. Plant biotechnology journal, 2016.Applications: genetics, genomics and crop improvement Crop improvement Development of diagnostic and constitutiv
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0307月
Windows下的微生物(16S/18S/ITS)差异分析神器
一、STAMP软件介绍 可以说STAMP软件[1][2]是专为微生物研究量身定制,可以在微生物的物种丰度以及功能丰度信息基础上进行统计分析,以及图形化处理,官方网址为:http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP STAMP软件目前已经经历了version1到version2的更新,引用量高达260。 STAMP软件是基于python编写的,除了windows版本外也...
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0307月
miRNA对肿瘤耐药产生的影响
恶性肿瘤已经成为当今社会中威胁人类健康的严重疾病之一。虽然,化疗是癌症治疗的主要手段,但由此产生的耐药也是当今影响疗效的最棘手问题之一,从而使患者面对无药可用的尴尬境地。 外泌体作为细胞间信息传递的重要通讯员,在肿瘤耐药传递方面发挥重要作用。研究发现,肿瘤细胞和肿瘤微环境(tumor microenvironment,TM...
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0307月
【三代测序传】——RS II的绝唱·三代最新起跑线
技术简介 与二代测序仪比,三代测序仪完全是革命性的,正向着高通量、低成本、长读取长度的方向发展。它具有明显的几个优点:(1)单分子测序,大大提高了样本的通量和检测的速度;(2)RNA直接测序,大大降低了体外逆转录产生的系统误差;(3)长片段测序,大大提高DNA聚合酶内在自身的延续性。 有三家公司推出的三代测序平...
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0307月
可能是2017年最全面的转录组数据库介绍了
一、nt和nr数据库 nt库和nr库大家都比较熟悉,一个核酸库,一个蛋白库,两者既可以通过NCBI进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将如下文件下载后,进行 本地BLAST。在此还是简单说明一下在线比对方法: 打开https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi,根据下表选择合适的程序(图表来自网络) ...
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2206月
【外泌体专题】——外泌体miRNA与脂肪
脂肪来源的循环miRNA调节其他组织中的基因表达。
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