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标准肠道菌群 -“Normal“for the gut microbiota

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浏览:- 发布日期:2017-07-21 10:23:21【

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Everybody knows,肠道微生物的组成和结构对人体健康十分重要,学界也针对人类肠道微生物做了很多研究。只不过这些研究大多是针对某些疾病的,也就是通常聚焦于“不正常”的样本进行研究。那么,“正常”(Normal)的,或者说一般人的肠道微生物组成是什么样的呢?最近就有一篇研究报道针对该问题进行了阐述。

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基因组学分析揭示肠道微生物构成和多样性的标志物

介绍

对于临床研究来说,确定“正常”的肠道微生物群落是如何构成的非常重要,当然,前提是存在这种构成。

通过粪便样本和问卷调查,Falony et al.和Zhernakova et al.等人分别研究了比利时和荷兰人群。肠道微生物的组成与一系列因素有关,包括日常饮食、用药、血红细胞数、粪便嗜铬粒蛋白A和粪便稠度等。这些数据能够为正常肠道微生物菌群的可能生物标志物提供一些提示。

结果

图1 | 微生物分类树。(A)基于宏基因组测序的分类树(B)基于16S rRNA基因测序的分类树

图2 | 微生物组成和功能之间的个体差异。(A)微生物组成的PCoA图(B)香农多样性指数分布图(C)基因丰度分布图(D)直系同源群簇(Clusters of Orthologous Groups,COG)丰度的分布

图3 | 与肠道微生物中个体间差异有关的因素。共展示126个相关因素(FDR<0.1)。

图4 | 排泄物中CgA相关分析。(A)微生物组成的Bray-Curtis距离图(B)CgA与其他因素的相关性(FDR<0.1)(C)170个物种的分类树,其中61个与CgA高度相关(D)与CgA高度相关的61个物种的分类树

结论

这篇文章利用二代测序技术在1135个荷兰人群体中进行了肠道微生物的深度测序,得到了微生物与人之间126种(外源性和内部宿主)因素的关系,包括31种内在因素,12种疾病,19种药物组,4种吸烟类别和60种饮食因素。这些因素共同解释了整个微生物群体中个体间差异的18.7%。该研究将110种因素与125个物种联系起来,发现粪便嗜铬粒蛋白A(Chromogranin A,CgA,由肠内分泌细胞分泌的蛋白质)与61种微生物非常相关,其丰度占微生物组成的53%。在多样性更高的微生物群体里的个体中观察到了低CgA浓度。这些结果能够引导我们更好地了解环境-饮食-微生物-宿主之间的相互作用。

参考文献

Zhernakova A, Kurilshikov A, Bonder M J, et al. Population-based metagenomics analysis reveals markers for gut microbiome composition and diversity[J]. Science, 2016, 352(6285): 565-569.

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