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ceRNA分析数据库大全

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浏览:- 发布日期:2016-05-18 08:59:00【



RNA家族作为中心法则构成的关键分子备受瞩目。近年来,除了风采依旧的miRNA、炙手可热的lncRNA、后起之秀的circRNA,ceRNA也开始崭露头角,其通过竞争性地结合miRNA来调节mRNA的翻译,在生物生长、发育和疾病发生、发展过程中具有重要作用。但很多科研工作者苦于如何寻找竞争性结合miRNA的ceRNA分子,小编就此整理一套ceRNA预测常用数据库,可以预测lncRNA/circRNA/Pseudogenes/mRNA-miRNA-mRNA之间可能存在的ceRNA关系,供各位看官参考。

1.starBase V2.0

该数据库采集了6000多份样本,14种癌症来自于37个独立研究的108份CLIP-seq数据,进行miRNA、lncRNA、CircRNA、protein与mRNA之间的相互作用分析,同时也鉴定获得了约10000个ceRNA关系对,并且通过Function Prediction可进行ceRNAs的功能预测。该数据库主要包含人、小鼠、线虫3个物种的信息。

链接:http://starbase.sysu.edu.cn/

使用者可根据mRNA的genesymbol搜索相关的ceRNA信息,也可以将所有已预测获得的ceRNA关系信息进行下载。

2. miRSponge

该数据库提供来源近1200已发表文章数据支撑的11个物种的599个miRNA海绵和463个ceRNA关系,可提供浏览、搜索、下载和上传数据功能。使用者可通过miRNA、mRNA、物种、疾病、组织进行数据检索。

链接:http://www.bio-bigdata.net/miRSponge

3. CircNet

该数据库主要进行新circRNA预测及基因组注释,并计算已知和新circRNA表达情况,构建从circRNA-miRNA-target的调控网络。可以通过mRNA或miRNA的name搜索相关信息。

链接:http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

4. Linc2GO

该数据库提供基于ceRNA关系进行人类的lincRNA功能预测分析,使用者仅需要提供lincRNA ID即可搜索相关的lincRNA功能,但不能看到lincRA相关的miRNA信息。

链接:http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/~liuke/Linc2GO/index.html

该数据库需要使用Human lincRNA catlog数据库的lincRNA ID才可以识别,例如:TOCNS_XXX。

除上述比较常用的数据库外,还有HumanViCe、lnCeDB等ceRNA分析数据库,但这些数据库偶尔会出现bug,在此就不做介绍了,如果各位看官感兴趣,可以在数据库nice的时候自行尝试。

关于ceRNA调控预测数据库介绍就到此为止啦,后期还会有关于miRNA靶基因预测等数据库介绍哦,期待和您再次见面~

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    【本文标签】:ceRNA分析
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