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FFPE样本与新鲜样本之间捕获测序效果的比较

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浏览:- 发布日期:2016-10-26 08:43:02【

简介

本文对使用FFPE和新鲜冻存样本提取的DNA的靶向捕获的二代测序结果进行了比较。

实验设计:

  • 样品:新鲜冻存和FFPE保存的正常结肠组织分别提取DNA。

  • 捕获平台:NimbleGen’s Comprehensive Cancer Panel Design。

  • 样品起始量:500ng、250ng、100ng,实验进行一次重复。

  • 测序Hiseq 2000, 2 lane。

结果比较:

1. 数据统计

从上表可以看出,使用FFPE样本除了duplication率明显高于新鲜冻存的组织样品外,其他数据与Fresh Frozen差别不大。在使用100ng起始量时,mean coverage和median coverage都低于新鲜冻存样本。

2. 覆盖度

在1X、20X、40X深度以上的目标区域覆盖度在两种样本中基本没有差别;80X、100X深度以上的目标区域覆盖度仅100ng FFPE样本偏低,500ng和250ng基本无差别。

3. SNP比较

对突变位点进行20X和40X覆盖度筛选情况,250ng和500ng起始量两种类型的样本间相同的SNP数量较多,但是随着覆盖度筛选深度增加,新鲜冻存样本得到的SNP数量也会有所增加。100ng起始量两种类型的样本间相同的SNP数量明显减少。

参考文献:

Raterman, D., Jefferson, K.,Wendt, J., Brockman, M., and Burgess, D. (2013). Target enrichment protocol forpreparing formalinfixed paraffin embedded (FFPE) tissue samples fornext-generation sequencing. Roche NimbleGen Inc., Madison, WI.

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AgilentSureSelect 靶向序列捕获技术是一种溶液型杂交捕获技术,该技术由Agilent公司与麻省理工学院-哈佛大学博德研究所共同开发,研究成果随后刊登在《自然生物技术》上。该技术使研究人员能够将测序范围缩小到感兴趣的基因组区域,从而简化新一代测序。120-mer RNA 寡核苷酸能够可靠地捕获更多大小变异,包括 SNP、CNV 和 Indel,具有无与伦比的等位基因平衡。Agilent公司还提供客户定制系统,DNA捕获区域从200kb到5.8Mb都可以。

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    【本文标签】:测序 高通量测序 捕获测序 基因测序 二代测序
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