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干货必知:人类疾病相关miRNA数据库Mir2disease

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浏览:- 发布日期:2017-03-20 10:12:25【

有些microRNA研究者往往有以下疑问

1. 怎么样更加高效而又有针对性的挑选microRNA进行验证?

2. 已挑选的miRNA以及往下做的验证方向,是否已有有力的证据可以支持?

3. microRNA可能会和哪些疾病相关?

下面小编为大家推荐一个简单好用的网站http://www.mir2disease.org/,让各位看客自己就可以动手操作。

miR2Disease,一个手工打造的数据库,旨在提供一个全面的microRNA对应各种人类疾病的资源。其中的每个条目包含miRNA-disease关系的详细信息,包括microRNA的ID、疾病名称、miRNA-disease关系的简要描述、microRNA在不同疾病状态的表达模式、microRNA的表达检测方法、通过实验验证microRNA的目标基因和参考文献。

好了,废话不多说,直接进入主题:

第一步:在浏览器中打开网页http://www.mir2disease.org/,如下图:

第二步:点击上图中红色方框里面的SEARCH按钮,成下图状态,其中提供了3中检索方式,通过miRNA的ID名或疾病名称或靶基因的名称。

第三步:点击上图红色方框中的任意一个(前提是你自己想要的),一般我们测序得到的是miRNA的ID,我们就以Search by miRNA ID为例。

第四步:输入一个你关心的miRNA的ID号,如hsa-miR-122a,然后点击Search键,结果就会呈现在眼前,如下图。

学会了以上4步就基本会自己动手操作,对,就是这么简单,学到这里现在是不是很有成就感?但问题还在后面......

问题一:有些miRNA的ID并没相应的疾病信息,就会显示第3步的结果,那怎么知道哪些miRNA的ID是有疾病信息的呢?

这时在第3步的时候不输入miRNA的ID信息,直接点击Search键,就会有你想要的结果。

这里miRNA得ID都有相关的注释,选择那个你想要的,然后点击Search selected miRNA(s)键就OK啦!

问题二:得到的结果怎么下载下来呢?这里的结果没有下载的按钮,小编也是找了N久也没找到,那该怎么办呢?

有人可能会想到手抄记录(如果你不嫌麻烦的话),这个当然可以。还有个好方法就是通过下载miR2Disease Base的数据库,点击DOWNLOAD键,然后下载All Entries(txt)文件,然后利用linux操作系统来筛选。

好啦!问题暂且就说到这里,如果你在使用过程中遇到什么问题,欢迎一起来探讨。

温馨提示:如果各位老师是在欧易生物做的smallRNA测序(物种:人),我们会免费给您提供该数据库注释分析。

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