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焦磷酸测序法检测SNP突变位点PCR引物的设计

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浏览:- 发布日期:2016-11-29 09:05:37【

在前两篇中(焦磷酸测序甲基化位点序列查找及延伸、焦磷酸测序法检测甲基化位点PCR引物的设计)欧易生物为老师介绍了在网站UCSC上如何查找及延伸碱基序列及PyroMark Assay Design 2.0软件焦磷酸测序法设计甲基化位点引物的使用。今天我们再为老师们介绍PyroMark Assay Design 2.0软件的另一款功能:焦磷酸测序法检测SNP突变位点PCR引物的设计。

首先下载完软件安装包,按提示安装完毕即可使用(如果您有需要,可拨打欧易生物服务热线4006-4008-26)。

打开软件,运行结果如下图:

在Assay Type栏中选择下图红色区域中的“Genotypong(SNP)”,此选项为焦磷酸测序法检测SNP突变位点PCR扩增的引物设计选项。

以下图文档中的碱基序列为例:

上图中A为SNP突变位点,“Ctrl+C”复制该碱基序列。

将复制好的序列“Ctrl+V”粘贴输入下图中的红色区域,结果如下图所示:

上图中草绿色区域中有3个选项,分别可以查看输入序列、图像视图等(前面文章里面有具体介绍)。点击“GraplicView”键(图像视图),运行结果如下图:

根据上图中草绿色区域内中的碱基数标尺找到SNP突变位点A,在附件60bp内选定区域(焦磷酸测序法测序长度不宜过长60bp以内最佳,越短越好),点击“鼠标右键”然后点击“Set TargetRegion”键(“Clear Target Region”则为取消),操作方法如下图所示:

运行结果如下图:

点击上图中的红色区域按钮就可以分析设计出引物,运行结果如下图:

红色区域中即为设计出来的引物信息,可根据引物不同的评分、碱基序列结构、引物序列结构等选择比较好的PCR扩增引物方案。以下用“#1”第一引物设计方案举例,选定方案点击“鼠标右键”选择“View Report”键运行,操作方法如下图所示:

运行结果如下图所示:

在上图中红色区域的新窗口即为该对引物的具体信息及说明,点击下图红色区域,如下图所示:

运行结果如下图所示:

上图红色区域可以进行命名引物信息,点击“保存”即完成本次引物设计,如下图即为保存好的文件信息:

点击上图红色区域文件就可以随时查看引物具体信息。

想了解我们更多的软件介绍及实验方法,请扫码下方,更多精彩资讯尽在欧易生物,感谢大家对欧易生物的大力支持。

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    【本文标签】:焦磷酸测序 甲基化位点 高通量测序 基因测序 二代测序 PCR 引物设计
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