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焦磷酸测序法甲基化位点序列查找及延伸

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浏览:- 发布日期:2016-11-29 08:50:58【

焦磷酸测序技术(pyrosequencing)是一种新型的酶联级联测序技术,焦磷酸测序法适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美,而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术产品具备同时对大量样品进行测序分析的能力,为大通量、低成本、适时、快速、直观地进行单核苷酸多态性研究和临床检验提供了非常理想的技术操作平台。很多老师在文献或者是甲基化芯片上有感兴趣的甲基化CG位点却苦于碱基序列信息过短无法设计出高效的特异性扩增引物。今天我们就给老师介绍一个网站上查找延伸碱基序列的方法。

首先,输入网址:http://genome.ucsc.edu/,将会出现如下页面:

点击图中红色区域中的BLAT,页面如下:

如下图所示:Ctrl+C复制红色方框区域甲基化芯片上的CG位点信息 (其中草绿色方框为需要验证的甲基化CG位点)

如下图所示:Ctrl+V将上面的信息粘贴到网页的红色方框内(可把选定的CG两个碱基删除后再搜索)然后点击“Submit”键,就会显示改序列的匹配信息。

运行结果如下图所示:

核对上图的搜索信息(匹配度、染色体号等)点击第一条中的“browser”键

运行结果如下图所示:

点击上图红色区域View中的“DNA”键,运行结果如下图所示:

可在红色区域内输入您需要的碱基个数,点击“get DNA”可直接得到位点延伸序列如下图显示:

复制上图中的查找结果进行保存就完成了本次位点序列的查找,当然你还可以进行DIY设置查找到的序列,以下就来介绍一下DIY设置。

在上图步骤中不点击“get DNA”键改为点击红色区域“extended case/color options”键,运行结果如下图显示:

上图红色区域中可设置字体颜色及深浅程度还可以设置搜索结果中每行的碱基个数(上图设置为红色252,搜索结果显示每行69个碱基)点击“Submit”键,运行结果如下图所示:

其中红色字体为您输入的位点信息,草绿色方框CG为需要验证的甲基化位点,其余黑色字体碱基为延伸的序列信息,复制红色方框内的信息进行保存完成本次搜索及DIY设置,如下图所示:

如此老师您就可以设计出高效的特异性扩增引物啦,当然有些老师可能不太清楚使用哪款软件进行焦磷酸测序法设计引物较好,欲知欧易如何设计引物,我们下篇再进行分解。

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    【本文标签】:焦磷酸测序 甲基化位点 高通量测序 基因测序 二代测序
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