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教您1分钟快速查询Affymetrix芯片探针序列所在

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浏览:- 发布日期:2016-11-28 12:57:17【

许多利用芯片进行研究的科研工作者都听说过RT-PCR引物的跨探针设计,但不知道芯片的探针序列是什么,设计在mRNA的哪个位置,如何进行跨探针设计呢?这是很多芯片使用者的苦恼。本文就Affymetrix公司的芯片产品解读如何实时、快速查询探针序列所在?

由于Affymetrix公司针对每个基因具有多条探针,例如3‘IVT芯片,一般会在基因的3’端进行探针设计,针对这一段序列一般会设计11条探针,11条探针检测的序列总长一般会大于100bp,所以针对此种情况,想要查询探针序列具体信息,可以在官网上进行查询,具体操作流程请见下。

1) 打开Affymetrix官网,具体链接为http://www.affymetrix.com/estore/,之后注册一个自己的账号。

点击Register,出现以下页面,

下拉页面,获得如下信息

点击“I accept”,之后进入注册页面,进行注册,点击“submit”提交。

2) 注册完成后,继续回到主页面,登录官网(点击“login”,填写相关信息,进行登录)。

3) 登陆后,按照下图进行操作,具体为:点击“NetAffy”下拉框,选择“NetAffy analysis center”;之后根据您的芯片类型选择合适的操作框,例如您芯片类型是3’ IVT芯片,选择“3’ IVT Expression”;之后点击“NetAffy Query”;

出现以下操作页面,选择您的芯片名字,例如是Prime View芯片;之后在黄色底纹框中填写您需要查询的基因名字或探针名称(请注意,如果填写基因名字,可能会出现多条探针,选择您需要进行后续研究对应的探针名字即可),例如CCNE1,之后submit;

出现以下页面,您点击合适探针即可看到相关信息。例如我们关注第一条信息;

点开后,获得如下页面;

这是关于这条探针的详细信息,包含了芯片版本、基因本身信息、GO和KEGG数据库以及其他注释信息,如果我们只想看探针序列信息,请下拉到最后,会出现以下页面;

其中target Sequence是在该基因的3’段设计的所有探针的序列总长,Probe Info是Target Sequence序列的分解探针信息。

4)如果需要对这条基因进行RT-PCR分析,又希望PCR引物可以跨探针设计,可以直接对上述Target Sequence序列两端或直接针对该序列设计引物即可。

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    【本文标签】:生物芯片 基因芯片 探针序列 affymetrix
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