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miRNA名字更新前后如何对应?

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浏览:- 发布日期:2016-05-18 15:34:00【


miRNA芯片已经成为目前分子生物学研究中的常用检测手段,但很多科研工作者发现,利用miRNA芯片筛选出的差异miRNA中,会有部分没有办法与已发表的文章中的miRNA对应,或者是已发表文章中涉及的miRNA在芯片(芯片上所有的miRNA都计算在内)根本查询不到,为什么呢其实原因蛮简单的,就是miRNA的命名更新了哦~下面小编就如何将这些信息对应上进行了简单的整理,希望解您之惑哦~

例如:在下面这篇文章中涉及到了has-miR-155,我们想看是否在差异miRNA中,利用芯片数据已查询,发现有两个miRNA,分别has-miR-155-5phas-miR-155-3p,这到底是哪个呢?此时需要借助一个万能的miRNA数据库--miRBase,遇到任何这样名字不对应问题,都可搞定哦~

首先我们打开miRBase数据库,链接为:http://www.mirbase.org/,在右上方的搜索栏中输入hsa-miR-155即可,如下图所示:

点击search后获得结果如下:

这个页面中第一条记录为Stem-loop sequence has-mir-155,这是has-miR-155的前体及相关信息。请注意r代表的是前体,R代表的成熟体

页面下拉,发现关于Mature sequence has-miR-155-5p和Mature sequence has-miR-155-3p两条记录,自信查看每条记录下面的注释信息,会发现有Previous ID字符,这就是前面所说的命名被更新之前的信息,通过这条记录就会发现has-miR-155-5p与has-miR-155是一一对应的。对应好后,我们就可以放心的进行后面的研究啦~

可以问题又来了,Mature sequence has-miR-155-3p又与哪个以前的miRNA对应呢?我们继续查询关于Maturesequence has-miR-155-3p的注释,发现has-miR-155-3p与has-miR-155*是“一对”的。

每条miRNA记录中,除了关于以上名字更新信息之外,还会有关于miRNA序列、靶基因等、相关文章ID和链接等信息,如果需要,可自行查询哒。

接下来可能就会有看官询问了,miRNA名字的不同字符神马意思呀?例如上文的has-miR-155-3p,还有更复杂的,例如has-miR-199a-1-5p,还有这带*,都什么鬼呀?静等下回分解哈~

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    【本文标签】:miRNA 小RNA
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