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PPI网络图是什么,竟然比蜘蛛侠的蛛丝网还千丝万缕

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浏览:- 发布日期:2017-10-17 09:07:25【

PPI是protein-protein interaction的简称,即蛋白质与蛋白质的相互作用,蛋白质间的功能链接通常能够从编码它们的基因间的基因组相关性中推断,而相同功能所需要的一群基因趋向于显示相似的物种覆盖,通常定位在基因组(在原核生物中)上非常邻近的位置,并且趋向于参与基因融合事件。那我们怎么得到基因之间的相互关系呢?

小编给你们介绍一个特别棒的数据库STRING(https://string-db.org/),这个数据库主要是蛋白质间预测的功能相关性,可以用来浏览和分析这些相关性的一个预计算的全局资源,它提供了两千多种的物质和他们的蛋白互作关系。

1. 首先我们可以将差异基因与STRING数据库中近缘物种进行balst(e-value:1e-10)比对,获得差异基因的互作关系,并使用Cytoscape(version:3.3.0)(http://www.cytoscape.org/)绘制互作网络图。首先先观察一下那些图,基本结构就是圈和圈之间的连线。圈圈在软件中叫Node(节点),有source node(源节点)和target node(靶节点)的区别;中间的连线叫Edge。所以,数据表要有一列源节点,一列靶节点,于是它们的关系(Edge)就自动确立了,其他的都是Node或Edge的属性。

2.导入按照互作combined_score得分从高到低排序,的top300Unigene互作互作关系结果文件如图:

-

3.导入差异基因的上下调信息

4.打开style选项,选择适合的节点node和线条Edge的图形方式,也可以导入欧易提供的styles_PPI.xml文件

5.移动调整图形位置,使他们互不遮挡。

6.点击File,输出为图像,即可将您画好的PPI网络图导出

这样您的PPI网络图就画好了,是不是十分的简单快捷呢?

另外还可以通过Cytoscape的一个app——MCODE,对差异基因进行cluster聚类,不同的cluster用不同的颜色显示

1.安装MCODE,并新建各cluster

2.选择style中column中MCODE_Cluster选项,调整各Cluster颜色

图中不同的颜色表示不同的cluster,未被cluster的则用蓝色表示。图形越大,与其互作的基因越多

然后就可以输出Cluster标有不同颜色的整张网络图。

也可以选中单个Cluster的网络图输出。

基本的作图思想就是:

1、建立关系;

2、展示全局属性(通过Style实现);

3、高亮特殊属性(Select+Style、Style各项下拉框)

快来试试看吧!

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