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【三代测序传】——微生物全基因组SMRT测序

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浏览:- 发布日期:2017-08-21 13:47:12【

获得金标准的参考基因组数据;

  • 重建完整的基因和基因簇;

  • 阐明可移动成分在耐药和传播中的作用;

  • 评估DNA修饰对发病机制的影响。

  • 尽管二代测序已经极大减少了微生物基因组测序的成本,但由于二代测序本身的一些技术瓶颈,这方面我们获得的数据一般只能绘制微生物基因组草图,不够精确;另外基因组拼接的问题也挑战着基因预测的算法。

    通过单分子实时测序,可以让大家在可以负担的范围内得到完整的微生物基因组。对大多数微生物来说,封闭的基因组和辅助质粒可以使用单一文库中跑一个Run得到的数据进行整合,只需一天即可。

    特色研究:链霉菌基因组开发[1]

    PacBio de novo组合在单个重叠群中推测检测到完整的NRPS基因簇。二代测序的结果包含两个不完整的基因簇的片段,位于两个不同的重叠群上,部分簇显然不存在。

    图1 | Comparison of two different genome assemblies for Streptomyces strain Mg1, one based on PacBio sequence data and the other based on 454 and Illumina sequence data.

    图2 | Variation in genome size among Streptomyces somaliensis and its close relatives.

    特色研究:解决植物真菌病原体的复杂基因组结构[2]

    SMRT全基因组测序用于产生Microbotryum lychnidis-dioicae的近成品基因组,其是引起Silene latifoli(白花蝇子草)的花药病的病原真菌。该研究拿到了重复丰富的交配型染色体和着丝粒的染色体级别分辨率的数据,科学家们可以开始研究基本的进化问题。

    图3 | Finished assembly of the mating-type chromosomes of the anther smut fungusMicrobotryum lychnidis-dioicae.

    图4 | PacBio assembly of the nuclear Microbotryum lychnidis-dioicae genome.

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