SEARCH
技术服务021-34781616

热门搜索关键词:转录组基因组甲基化酵母文库蛋白芯片

021-34781616

当前位置首页 » 新闻资讯 » 技术&解读&应用 » 山羊的早期皮肤色素沉着过程中LncRNA的表达分析

山羊的早期皮肤色素沉着过程中LncRNA的表达分析

返回列表 来源: 查看手机网址
扫一扫!山羊的早期皮肤色素沉着过程中LncRNA的表达分析扫一扫!
浏览:- 发布日期:2017-11-06 09:51:17【

02.实验材料

以渝东白山羊和酉州黑山羊作为实验材料,取受孕100天的山羊的背部和腹部皮肤做研究。

03.实验方法

1.RNA的抽提及文库构建(去核糖体的方法)

2.测序:Illumina HiSeq 2000

3.数据分析:对测序结果进行生物信息学分析

04.结果分析

1、山羊胚胎皮肤中lncRNA的鉴定及分析

通过测序共得到84.2Gb clean reads,分析发现6.29%(2952)的转录本无参考数据库。利用软件CNCI,CPC,Pfam-scan,和 PhyloCSF得到了1336个lncRNA,进行深入分析。这些lncRNA可以分为3个亚型:基因间lncRNA(intergenic lincRNAs ,999个)、内含子型lncRNA(intronic lncRNA,218个)和反义lncRNA(anti-sense lncRNAs,119个)。

从基因结构和表达水平上对3个亚型的lncRNAs进行初步分析,结果表明, intronic lncRNA的转录本长度最长,anti-sense lncRNAs次之,intergenic lincRNAs最短;从外显子数量方面,anti-sense lncRNAs的数量最多,分布范围最广;而intronic lncRNAs在基于FPKM (fragments per kb for a million reads)的表达量方面的表达量最高。以上结果表示不同亚型的lncRNAs在山羊的基因组中具有不同的功能。

Comparative analysis of the three subtypes of lncRNAs. The tran length (a), exon count (b), and expression level (c) of three subtypes of lncRNAs were compared using the Kolmogorov-Smirnov test, and a P value of 0.05 indicates significance between two groups.

2、转座子表征各种亚型的lncRNA

分析发现,转座子(Transposable elements,TE)的组分特征可以用来区分不同亚型的lncRNA。intronic lncRNAs的转座子含量低于lincRNAs和anti-sense lncRNAs(23.75 % vs. 36.44 % and 34.91 %)。此外,lincRNAs和anti-sense lncRNAs的LINEs/L1s和LINEs/RTE-BovBs的比例较高,而intronic lncRNAs中缺少LTRs/ERVLs和SINEs/Core-RTEs。这些结果表明了lincRNAs和其他亚型lncRNA不同的转录调节机制。

TE components and position bias in three subtypes of goat lncRNAs

3、mRNAs 与 lncRNAs的比较分析

测序得到的mRNAs(27947)和lncRNAs(1336)进行比较分析发现:①与mRNA不同,大部分lncRNAs包含2~3个外显子;②mRNAs与lncRNAs转录本的长度有显著差异,lncRNAs较小;③lncRNAs的开放阅读框(ORF)较短;④lncRNAs的表达水平较mRNA低;⑤lncRNAs形成可变剪切的转录本数量较少;⑥大部分lncRNAs具有低保守性。

Comparison of genomic architecture and expression level between mRNAs and lncRNAs.

此外,本文还分析了顺式和反式lncRNAs对其靶基因的影响,发现lncRNAs在皮肤形成和色素沉积的过程中有严格的组织特异性和功能保守性

欧易生物

技术热线:021-34781616 咨询热线:4006-4008-26

上海市闵行区新骏环路138号5幢3层
service@oebiotech.com
欧易生物
欧易生物微信公众号
沪ICP备-050455 网站地图  Copyright © 2016 上海欧易生物医学科技有限公司 保留所有权利