SEARCH
技术服务021-34781616

热门搜索关键词:转录组基因组甲基化酵母文库蛋白芯片

021-34781616

当前位置:首页 » 微生物研究 » 宏基因组测序(二代) » 宏基因组测序

宏基因组测序

宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是由 Handelman 提出的一种直接对微生物群体中包含的全部基因组信息进行研究的手段,以特定生境中的整个微生物群落为研究对象,采用高通量测序技术,获得环境微生物基因组信息总和,以研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能以及代谢通路等。之后 Kevin 等对 Metagenomics 进行了定义,即“绕过对微生物个体进行分离培养,应用基因组学技术对自然环境中的微生物群落进行研究”的学科。它规避了对样品中的微生物进行分离培养,提供了对无法分离培养的微生物进行研究的途径,避免了实验过程中由环境改变引起的微生物序列变化所带来的偏差。
近年来,随着测序技术和信息技术的快速发展,利用新一代测序技术(Next Generation Sequencing)研究 Metagenomics,能快速准确的获得大量生物数据和丰富的微生物研究信息,从而成为研究微生物多样性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物与人类疾病健康关系的人体微生物组计划(HMP, Human Microbiome Project, http://www.hmpdacc.org/),研究全球微生物组成和分布的全球微生物组计划(EMP, Earth Microbiome Project, http://www.earthmicrobiome.org/)都主要利用高通量测序技术进行研究。 

宏基因组产品特色

1. 一次测序可获取环境中所有微小生物的遗传信息,物种信息更加丰富。
2. 无需PCR扩增,相对客观还原菌群结构,反映微生物真实生存状态。
3. 通过拼接可获取更长的基因序列,物种注释分辨率更,Binning组装可重构微生物草图基因组。
4. 除物种水平的研究外,还可以进行基因和功能水平的研究,极大地拓展了微生物功能代谢研究,促进微生物资源的开发利用,加速微生态科研进程的深度研究。
5. 可多角度深入挖掘测序数据,一次测序数据可以助力您发表多篇文章。

生物信息分析流程

微信截图_20181030145835

常见问题

1. 宏基因组测序技术和微生物多样性测序技术有哪些区别,如何选择?
实验上的区别:微生物多样性测序需要选择特定引物序列并进行目标基因片段的PCR扩增,而宏基因组测序只需要对抽提获得的DNA做片段化处理。
分析上的区别:微生物多样性测序需要进行OTU聚类,只能研究物种的类别和组成比例,而宏基因组测序需要进行序列组装和评价,同时可以从物种、基因和功能层面上进行分析研究。
由于二者在平台技术上不同,从而在分析上也是不同,且各有优势,选取上可根据研究目的的不同来进行抉择:如果仅仅关注环境的群落构成,包括哪些优势菌属和非优势菌属,则微生物多样性就可以满足需求。而需要在群落构成的基础上进一步挖掘更深的功能信息。则建议宏基因组测序。或者可以先大样本量进行微生物多样性分析,并根据多样性分析结果挑选合适的样本进行宏基因组测序,更深一步的探究群落物种的功能特性。
2. 宏基因组测序可以检测细菌、真菌、原生生物、浮游生物和病毒等微小生物信息么?

可以。因为宏基因组测序提取的DNA为环境样本中生物总的DNA,经过测序和分析后可同时检测环境中细菌、真菌、原生生物、浮游生物和病毒(DNA 病毒)等物种信息。
3. 宏基因组测序的测序量建议多少?

环境样本的复杂程度不同,测序量一般也不相同。对于微生物组成复杂的样本类型,如土壤和水体,测序量一般较高;而微生物组成相对简单的样本,如肠道样本,测序量一般较低。欧易生物宏基因组测序服务为客户提供最低10G/样本的测序量,足以支持一般文章的发表需求。


欧易生物

技术热线:021-34781616 咨询热线:4006-4008-26

上海市闵行区新骏环路138号5幢3层
service@oebiotech.com
欧易生物
欧易生物微信公众号
沪ICP备-050455 网站地图  Copyright © 2016 上海欧易生物医学科技有限公司 保留所有权利