illumina 935K甲基化芯片

935K甲基化芯片是一种全基因组甲基化筛选工具，靶向人类甲基化组最具生物学意义的区域中超过 935,000 个 CpG 位点。该芯片保留了以单核苷酸分辨率定量分析全基因组 CpG 的能力，同时提供高度准确和精确的甲基化测量，不受测序深度的影响，可应用于FFPE样本。935K甲基化芯片在850K甲基化芯片的基础上增加了186000个CpG位点，靶向增强子、超级增强子、CTCF结合位点、CNV检测区域以及850K甲基化芯片上未充分覆盖的CpG岛和常见的癌症驱动突变。此外，935K甲基化芯片还增加了经ATAC-Seq和ChIP-Seq实验鉴定的染色质开放区域。

可直接准确检测到发生甲基化的位点，而非发生甲基化的区段技术重现性为 98%

配套的甲基化专业分析软件 GenomeStudio Methylation software，便于科研工作者个性化分析

一体化工作平台，无需 PCR，上样量≥250 ng

每张芯片可平行进行 8 个样本的检测

可检测 FFPE 样本

分析内容

结果展示

甲基化程度分布柱状图

高低甲基化不同甲基化区域占比柱状图

甲基化差异位点圈图

富集柱状图

KEGG富集气泡图

1. 甲基化芯片可检测到哪些位点？

Illumina Human Methylation EPIC Bead Chip 芯片可检测 850,000 个甲基化位点，覆盖了原 Illumina Infinium Human Methylation 450 Bead Chip 的 90% CpG 位点的同时，增加了 350,000 个用于检测增强子的 CpG 位点。

实现了基因区域和 CpG 岛覆盖，还包括 CpG 岛之外的 CpG 位点、在人类干细胞中鉴定出的非 CpG 甲基化位点、miRNA 启动子区域、以及肿瘤和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。

2. 如何对甲基化芯片筛选的甲基化位点进行验证？

因为 Pyroseq 适用于已知甲基化位点的大样本量验证，所以一般用 Pyroseq 对芯片结果进行验证。

3. 除了 CpG 岛的甲基化状态，基因其他区域是否也值得进行甲基化检测？有些基因没有明显的 CpG 岛，这时该如何确定检测位置？

甲基化状态对基因功能的影响并不限于 CpG 岛，有些基因没有明显的 CpG 岛，但启动子附近或基因内部的少量 CpG 位点的甲基化状态也对基因功能有明显影响，这样的区域也是值得检测的。因为不同基因调控机制的差异，一个基因受甲基化影响位点的确定要全方面考虑各种因素，文献调研是非常重要的研究基础。