简化基因组(2b-RAD/superGBS)



简化基因组(2b-RAD/superGBS)


简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)是指选用合适的限制性内切酶消化基因组DNA,选择其中的特征性目标片段,经二代测序和生物信息学分析,可不依赖参考基因组,就能获取基因组目标片段序列信息的技术。

经过对一些常见的简化基因组测序技术(如:RAD-seq、GBS等)进行综合对比,我们推荐2b-RAD和Super-GBS为科研用户提供服务。基于目前的项目经验,这两项技术已能互补应对大多数物种。


2b-RAD

2b-RAD技术使用IIB型限制性核酸内切酶(如BsaXI)对基因组DNA进行酶切,切割位点位于识别位点的左右两侧,酶切后产生等长的33 bp的标签, 这些标签经过富集后用于高通量测序, 通过生物信息学分析实现全基因组范围高通量SNP筛查和分型分析。


Super-GBS(Genotyping-by-Sequencing)

是基于GBS进一步发展出的简化基因组测序技术,其原理是使用限制性核酸内切酶将基因组DNA进行酶切,然后对酶切片段进行高通量测序,通过分析获得SNP信息并进行基因分型,是一种快速、简便、低成本的基因分型方法。






技术优势


2b-RAD

适用于降解样品、痕量样品(ng级DNA)

技术重复性好,标签长度一致、测序深度均一,SNP准确性和利用率高

助力发高水平文章

提供大片段缺失分析

项目经验丰富(项目物种涵盖动物、植物、微生物,共150多种;有参、无参均可)




Super-GBS

实验建库流程简单快捷

无参物种标记产出高

助力多倍体物种的研究

测序数据量不受基因组大小影响

有效避开重复序列






应用方向


高密度遗传图谱构建与QTL定位

全基因组关联分析(GWAS)

群体遗传/群体进化/系统发育

分子育种——分子标记辅助育种

分子育种——全基因组选择育种

种质资源鉴定——DNA指纹图谱

种质资源鉴定 — — 分子标记开发


立即咨询