2bRAD-M®简化宏基因组



2bRAD-M®简化宏基因组


2022 年 1 月 26 日，Genome Biology（IF：17.906）在线发表了由中国科学院青岛生物能源与过程研究所、中国海洋大学和欧易生物联合研发、共同署名的题为“Species- resolved sequencing of low-biomass or degraded microbiomes using 2bRAD-M”的技术文章。自此诞生了新的微生物组测序技术——2bRAD-M，该技术起源于 2bRAD 简化基因组测序技术（Nature Methods, Wang et al. 2012），通过 IIB 型限制性内切酶对微生物基因组酶切后获得的唯一标签（unique tag)进行微生物定性和相对定量分析，较传统微生物组测序技术有明显的技术特色和优势。

相关链接：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02576-9


技术介绍





技术原理


2bRAD-M®技术原理如下图所示：采用 IIB 型限制性内切酶对基因组酶切，可产生 等长的酶切标签 tag（如，BcgI 酶可获得 32bp 等长标签），对 IIB 酶切标签进行扩增和 测序，然后通过“两步法”对微生物群落结构进行分析（包括细菌、真菌、古菌）。

第一 步，我们通过预先建立的含有每种微生物 unique tag 的数据库（2b-Tag-DB）进行定性分 析，即筛选所有可检测到 unique tag 的微生物物种。

第二步，对定性的微生物再次建立 2b-Tag-DB 并进行相对定量分析，即对上一步得到的微生物物种，根据 unique tag 分布 进行进一步的筛选和丰度估计。该策略能够高准确度、高灵敏度地检出微生物，可以同时检出细菌、真菌和古菌。


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图 | 2bRAD-M®流程图




技术特点及优势


  • 种水平（species level）的物种检测分辨率

  • 一次测序可同时检测细菌、真菌和古菌

  • 高效处理疑难样本：低生物量（pg级别DNA）、严重降解样本（如FFPE）、高宿主污染样本等

  • 高灵敏度：对丰度较低的微生物种类也有较高的检出能力

  • 技术文章影响因子高：欧易生物共同署名发表在《Genome Biology》，IF：17.906

  • 高创新性的微生物组测序技术

  • 欧易生物独家科研服务技术，已获批技术商标及发明专利（ZL 2018 1 1467986.8 、ZL 2020 1 1355328.7）




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