2bRAD-M 微生物组测序技术



2bRAD-M 微生物组测序技术


2022年1月26日,Genome Biology(IF:13.518)在线发表了由中国科学院青岛生物能源与过程研究所、中国海洋大学和欧易生物联合研发、共同署名的题为“Species-resolved sequencing of low-biomass or degraded microbiomes using 2bRAD-M”的技术文章。自此诞生了新的微生物组测序技术——2bRAD-M,该技术起源于2bRAD简化基因组测序技术(Nature Methods, Wang et al. 2012),通过IIB型限制性内切酶对微生物基因组酶切后获得的唯一标签(unique tag)进行微生物定性和相对定量分析,较传统微生物组测序技术有明显的技术特色和优势。

相关链接:https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02576-9


技术介绍






技术原理


采用IIB型限制性内切酶对基因组酶切,可产生等长的酶切标签tag(如,BcgI酶可获得32bp等长标签),对IIB酶切标签进行扩增和测序,然后通过“两步法”对微生物群落结构进行分析(包括细菌、真菌、古菌)

第一步,通过预先建立的含有每种微生物unique tag的数据库(2b-Tag-DB)进行定性分析,即筛选所有可检测到unqiue tag的微生物物种。

第二步,对定性的微生物再次建立2b-Tag-DB并进行相对定量分析,即对上一步得到的微生物物种,根据unique tag分布进行进一步的筛选和丰度估计。该策略能够最大化、高准确度、高灵敏度地检出微生物,而且可以同时检出细菌、真菌和古菌。

技术介绍


图 | 2bRAD-M流程图


技术介绍


表| 2bRAD-M、16S rRNA和宏基因组三种技术比较



技术特点及优势


种水平(species level)的物种检测分辨率

一次测序可同时检测细菌、真菌和古菌

疑难样本优中之选:低生物量(pg级别DNA)、严重降解样本(如FFPE)、高宿主污染样本等

高灵敏度:对丰度较低的微生物种类也有较高的检出能力

技术文章影响因子高:欧易生物共同署名发表在《Genome Biology》,IF:13.583




分析内容



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