2bRAD-M 服务


产品背景


微生物与生态平衡、农业种植、畜牧养殖、环境保护、人体健康等方面密切相关。因此,2bRAD-M技术可应用于土壤、大气、水体、人体、动/植物等生境中的微生物鉴定,尤其是人类健康与微生物的研究。


产品介绍


2bRAD-M技术应用于人类健康与微生物的研究





产品特色


  1. 1.  种分类学水平(species level)的物种检测分辨率

  2. 2.  为特殊复杂样本设计:如低DNA起始量(pg级别)、高度降解样本(如FFPE)、高宿主污染样本

  3. 3.  技术重复性和微生物群落客观还原度

  4. 4.  性价比高,一次测序可同时检测细菌、真菌和古菌的群落结构信息

产品介绍

图一 采用由5种微生物组成的模拟样品mock设计了三种类型的微生物样本,

即不同生物量样本LoA、降解样本HiD和高宿主污染样本HoC。L2为欧氏距离,代表两个样本的相似性。



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图二 2bRAD-M、16S rRNA、宏基因组三种技术的分类结果在准确性、召回率、一致性的比较



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表一 2bRAD-M、16S rRNA和宏基因组三种技术比较




技术原理


目前,在微生物多样性研究中,主要有两种高通量研究技术:扩增子测序(amplicon sequencing)和宏基因组测序(whole-metagenome sequencing,WMS)。扩增子测序(16S/18S/ITS)具有扩增偏好性,对于细菌、真菌等单独鉴定,分辨率达到属水平,无法有效区分种、株水平的差异。宏基因组测序的分辨率可达到种、甚至株水平,但其对DNA质量要求高,且费用也较高。


2bRAD-M是基于2bRAD技术(Nature Methods, Wang et al. 2012)发展出的一种微生物多样性分析技术,该技术通过IIB型限制性内切酶对微生物基因组酶切后获得的标签进行微生物定性和相对定量分析。

2bRAD-M技术原理如下图所示:采用IIB型限制性内切酶,如BcgI对基因组酶切,可产生等长32bp片段,这些短片段在种水平上可有效区分细菌、真菌和古菌;而且由于是等长的片段,保证了扩增效率的均一性;

最后基于“两步定量法”对微生物群落进行分析,即第一步定性,第二步对候选微生物进行相对定量。


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2bRAD-M技术原理图



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