技术特点

独特的喷墨原位合成技术

探针长度 60 mer，可以兼顾灵敏性和特异性，使二者达到良好的平衡

由于采取长探针设计，有利于捕捉对生命活动有重要意义的低丰度基因

灵活的定制方案，仅需基因组或 EST 序列，客户即可任意制作自己的芯片

平均 CV＜10% （MAQC: Nature Biotechnology, Sept, 2006）

芯片具有良好的可重复性，相关系数 R² ＞0.95 (MAQC)

芯片数据结果与 qPCR 数据结果具有良好的相关性，相关系数 R² ＞0.9 (MAQC)

技术特点

用独特的光蚀刻原位合成技术合成芯片 

采用短探针设计（通常 25 mer 长度），具有较好的灵敏度 

采用多位点探针设计，即对一个基因转录本，设计多个探针，综合评价基因表达量 

WT 系列芯片，可以实现全转录本表达谱分析

分析内容

结果展示

差异基因KEGG富集分析 — 气泡图

项目案例

HGF Mediates Clinical-Grade Human Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cells Improved Functional Recovery in a Senescence-Accelerated Mouse Model of Alzheimer’s Disease

干细胞治疗阿尔兹海默症的分子机理

发表期刊：Advanced Science  | 影响因子：15.840

研究背景

干细胞已成为一系列神经损伤的潜在疗法，但它们在阿尔茨海默病（AD）中的应用仍然有限，而干细胞对认知改善的潜在机制仍有待阐明。脐带间充质干细胞（hUC-MSC）处于较早的胚胎发育阶段，分化繁殖能力强、产量也相对较高，且没有道德问题并能分泌多种多功能因子，因此 hUC-MSCs 被认为是临床应用的更好选择之一。

研究结论

本研究探讨 hUC-MSCs 对 AD 衰老加速模型 SAMP8 小鼠认知能力恢复的影响。在AD细胞模型中，hUC-MSCs分泌的核心功能因子 HGF（肝细胞生长因子）通过下调 tau 蛋白磷酸化水平、逆转脊柱丢失、增强突触可塑性，在 hUC-MSC 调控受损神经细胞的恢复中发挥关键作用。hUC-MSC 接触导致的结构和功能恢复以及认知改善，部分是由 AD 海马区 HGF 通过激活cMet-AKT-GSK3β 信号通路介导的。综上所述，本研究揭示了 HGF 介导了 hUC-MSC 诱导的 AD 模型功能恢复的改善。

△图片说明：HGF-cMet-AKT-GSK3β 轴调控 tau 的磷酸化水平

参考文献

Jia Y, Cao N, Zhai J, et al. HGF Mediates Clinical‐Grade Human Umbilical Cord‐Derived Mesenchymal Stem Cells Improved Functional Recovery in a Senescence‐Acceler-ated Mouse Model ofAlzheimer's Disease. Adv Sci 2020; 

文章解读

https://mp.weixin.qq.com/s/j_sCV9fAhpxMAUY7XnwtLQ

1. 做一张表达谱芯片的 RNA 量需要多少？

Agilent 芯片需要的最低 RNA 量为 200 ng，考虑到质检和实验结果如果不理想需要重复等原因，一般建议客户提供 1 μg 的 total RNA 的量。

2. 定量验证所用的样品和芯片检测的不一致，定量结果与芯片不一致，该怎么解释？

如果是这种情况，那么定量验证结果和芯片不一致可能是因为样品本身的差异造成的。

芯片筛选毕竟是针对少量样品检测的结果，如果要准确检测的话，是需要放大样品量进行验证的。

3. 做完表达谱芯片后，在众多的差异基因中如何确定后期研究目标？

一般情况下有几个原则可以参考：

• 单纯从数据角度而言，FC 最大、P value 最小可为后期研究目标

• 结合课题组的研究方向和进展，挑选自己研究相关的通路基因

• 至少在一组样本中，基因具有一定的表达量，即标准化信号值大于 6

• 结合其他科研工作者的研究论文，排除已研究透彻的基因

4.芯片的变异系数（CV 值）怎么解释？

根据商品化芯片内部质控点的数据分别计算 CV 值，对其取中位数即代表芯片的变异系数，这是检测芯片实验好坏的重要指标，一般 CV 值都要求小于 15 %。

CV 值是标准偏差与平均值之比，用百分数表示，计算公式为：CV = SD / Mean × 100 %。