案例一：三阴性乳腺癌中 TRA2A 通过调控可变剪切促进紫杉醇耐药和肿瘤发展
研究背景
目前仍缺乏治疗三阴性乳腺癌（TNBC）的有效手段，其中紫杉醇耐药是治疗肿瘤主要的障碍之一。已证实选择性剪接的失调可能会导致肿瘤发展和化疗耐药。人类选择性剪接调控基因 TRA2 有两个旁系同源基因分别负责编码 TRA2A 和 TRA2B，已有研究证明 TRA2B 与癌细胞存活和治疗敏感性有关，但 TRA2A 在肿瘤发展中发挥的功能尚不清楚。
研究内容
欧易生物携手天津医科大学，对过表达 TRA2A 的细胞株和正常细胞株进行表达谱芯片筛选，分析 TRA2A 调控的可变剪接。最终研究表明三阴性乳腺癌中 TRA2A 可以增强癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力。此外，TRA2A 可以通过调控与癌相关的可变剪接增强乳腺癌细胞对紫杉醇的抗性。
图 1 | 技术路线 图 2 | 候选基因的可变剪接示意图
研究结果
1. 对正常乳腺癌细胞和紫杉醇抗性乳腺癌细胞株进行表达谱芯片筛选，发现抗性细胞株中 TRA2A 特异性高表达。
2. 验证 TRA2A 的功能，发现过表达 TRA2A 可以促进癌细胞迁移和侵袭。
3. 通过表达谱芯片进行可变剪接筛选，筛选出 7 个候选基因，随后，紫杉醇处理癌细胞后发现其中的三个基因（CALU、RSRC2 和 PALM）发生可变剪接，表明紫杉醇抗性细胞株中 TRA2A 主要调控 CALU、RSRC2 和P ALM 的可变剪接。
4. 临床组织样本验证 TRA2A 的表达和 CALU、RSRC2 和 PALM 的可变剪接，发现 TRA2A 的表达与三阴性乳腺癌病人生存率、肿瘤发展阶段以及紫杉醇抗性等密切相关。在肿瘤复发和转移组织样本中发现，RSRC2 的两个转录本中 RSRC21 高表达而 RSRC2s 低表达。对 RSRC2s 进行功能验证，结果表明 RSRC2s 的敲降增强了细胞对紫杉醇的耐药性。
5. 通过 PubMed 发现 RSRC2 中 RSRC2 1保留了第四个外显子，该外显子含有一个提前终止密码子，使得 RSRC21 不能正常翻译成功能蛋白。随后，通过可变剪接微基因报告方法证明了 TRA2A 通过调控可变剪接使得 RSRC21 高表达 RSRC2s低表达，从而抑制功能蛋白的表达。
参考文献
Liu T, Sun H, Zhu D, et al. TRA2A Promoted Paclitaxel Resistance and Tumor Progression in Triple-Negative
Breast Cancers via Regulating Alternative Splicing. Mol Cancer Ther 2017; 16(7): 1377-1388. (IF: 5.579)
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