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两年内发文 19 篇,累计 IF 高达 409,多组学文章那么容易出成果?

2019 年 10 月 14 日,Nature Biotechnology 刊登了一篇重量级文章,作者推出一种基于液滴单细胞核染色质可及性和 mRNA 表达测序(SNARE-seq)的方法,可以将单个细胞转录组和它的可及染色质关联起来进行大规模测序。(关于该文的详细解读,可以点击文末链接查看)

 

文章一经发表,便受到广泛关注。自见刊至今 1 年时间内,该文正式被引次数为 57;在所有期刊 274,544 篇类似文章中排名第 1,563 位;在 Nature Biotechnology 91 篇类似文章中排名第 7。

 

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SNARE-seq 的诞生,真正意义上实现了单细胞多组学。但由于 SNARE-seq 繁琐的实验步骤制约了该技术的推广。

 

如今,借助 10x Chromium 单细胞多组学平台,每一位研究人员都可以轻松完成在同一个细胞同时进行 RNA 和 ATAC 测序的单细胞多组学实验。

 

单细胞多组学时代,已经悄然而至!

 

多组学数据分析未来可期

生物技术的飞速发展,为研究人员提供了大量生物体内来自不同层面的组学数据,例如基因组学、转录组学、蛋白组学、代谢组学和表观组学等。在此背景下,「多组学研究」的概念应运而生。对多组学数据的整合分析,已经成为科学家探索生命机制的新方向。

 

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单细胞 RNA-seq+单细胞 ATAC-seq

虽然高通量单细胞测序技术发展至今仅十多年,但是多组学技术在单细胞领域已经得到快速发展——Nature Methods 在 2019 年将单细胞多组学技术评选为年度技术。

 

在众多组学联合高分文章中,单细胞转录组和单细胞 ATAC 联合分析备受瞩目。2019 年 6 月至今,利用 10x Genomics 单细胞技术发表的单细胞转录组 & ATAC 多组学文章已经高达 19 篇,累计影响因子 409,平均每篇 21.5。

 

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由于技术限制,上表提及的论文中,研究人员在样本处理时,大多将样本一分为二,用单细胞 RNA-seq 处理一半样本,用单细胞 ATAC-seq 处理另一半样本,从而同时获得转录组和表观基因组信息。然后,他们据此推断哪些类型的细胞在两个数据集中相互对应。

 

然而,这种方法在很大程度上依赖于转录起始位点、启动子位置和基因表达水平之间关系的假设,以及有关不同类型细胞的表观遗传学特征的先验信息。此外,处理两份样本的不同流程之间的差异也可能会影响细胞状态和结果。

 

设想一下另一种选择,可以在同一时间分析同一个细胞中的这两种模式。不需要推断,不需要等待生物信息学家来对配对结果进行分析,即使在细胞数量很少时,也不需要反复纠结应该优先采用哪种检测。

 

10x Genomics 单细胞多组学 ATAC+基因表达

全新的 10x Genomics 单细胞多组学 ATAC+基因表达,就能够实现这一点。该产品可同时捕获同一单细胞的转录组和表观基因组,为研究人员提供所需的、足够深入的信息去鉴定基因表达模式、细胞类型,以及细胞状态是如何建立的。研究人员能够对样本进行更加深入、高置信度地分析,从而借助关键的基因表达标志物,可以发现新的基因调控相互作用,或更好地解释表观遗传特征。

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单细胞多组学 ATAC+基因表达的流程示意图

 

作为国内老牌单细胞科研服务机构,欧易生物率先引进 10x Genomics 全新 Chromium 单细胞多组学 ATAC+基因表达产品,第一时间完成相关研发工作,为广大科研工作者提供专业、前沿的技术服务。

 

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与目标基因直接关联的推定调控元件的鉴定

*上半部分可以看到 LEF1 的整体关联,这些关联表示 1 Mb 窗口内与 LEF1 基因表达正相关(蓝色弧线)或负相关(红色弧线)的开放染色质峰,它是根据 7,273 个 PBMC 细胞核的样本绘制的。下半部分,根据不同细胞类型对 LEF1 表达水平和开放染色质峰进行彩色标注。蓝色框显示的是基因表达和开放染色质区域具有正相关的细胞类型。红色框显示的是基因表达和开放染色质区域具有负相关的细胞类型。

 

欧易生物单细胞平台

高通量单细胞测序是欧易生物强力打造的平台之一,拥有多套主流的单细胞设备,配备专业的人才队伍,集中公司优质资源,为国内外科研工作者提供专业、前沿的技术服务。

 

在过去的半年内,欧易生物单细胞平台硕果累累,协助多位科研工作者发表单细胞相关文章。

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详细内容可点击此处了解咨询。

 

如果各位老师在自己课题设计过程中有任何疑问,欢迎和我们沟通讨论

 

上海欧易生物医学科技有限公司

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