2bRAD-M®简化微生物组「独家」



2bRAD-M®简化微生物组


2022 年 1 月 26 日,Genome Biology(IF:17.906)在线发表了由中国科学院青岛生物能源与过程研究所、中国海洋大学和欧易生物联合研发、共同署名的题为“Species- resolved sequencing of low-biomass or degraded microbiomes using 2bRAD-M”的技术文章。自此诞生了新的微生物组测序技术——2bRAD-M,该技术起源于 2bRAD 简化基因组测序技术(Nature Methods, Wang et al. 2012),通过 IIB 型限制性内切酶对微生物基因组酶切后获得的唯一标签(unique tag)进行微生物定性和相对定量分析,较传统微生物组测序技术有明显的技术特色和优势。

相关链接:https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02576-9


技术介绍





技术原理


2bRAD-M®技术原理如下图所示:采用 IIB 型限制性内切酶对基因组酶切,可产生 等长的酶切标签 tag(如,BcgI 酶可获得 32bp 等长标签),对 IIB 酶切标签进行扩增和 测序,然后通过“两步法”对微生物群落结构进行分析(包括细菌、真菌、古菌)。

第一 步,我们通过预先建立的含有每种微生物 unique tag 的数据库(2b-Tag-DB)进行定性分 析,即筛选所有可检测到 unique tag 的微生物物种。

第二步,对定性的微生物再次建立 2b-Tag-DB 并进行相对定量分析,即对上一步得到的微生物物种,根据 unique tag 分布 进行进一步的筛选和丰度估计。该策略能够高准确度、高灵敏度地检出微生物,可以同时检出细菌、真菌和古菌。


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图 | 2bRAD-M®流程图




技术特点及优势


  • 种水平(species level)的物种检测分辨率

  • 一次测序可同时检测细菌、真菌和古菌

  • 高效处理疑难样本:低生物量(pg级别DNA)、严重降解样本(如FFPE)、高宿主污染样本等

  • 高灵敏度:对丰度较低的微生物种类也有较高的检出能力

  • 技术文章影响因子高:欧易生物共同署名发表在《Genome Biology》,IF:17.906

  • 高创新性的微生物组测序技术

  • 欧易生物独家科研服务技术,已获批技术商标及发明专利(ZL 2018 1 1467986.8 、ZL 2020 1 1355328.7)




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