案例一：轮状病毒编码的病毒样 small RNA 通过 PI3K/Akt/mTOR 通路靶向 IGF1R 触发宿主细胞自噬
研究背景
轮状病毒是双链 RNA 病毒，它是婴儿病毒性腹泻的主要原因。病毒可以创造一个微环境，通过编码 miRNA 等靶向调控各种宿主细胞的分子来促进其生存和自我增殖。然而，RNA 病毒是否编码 miRNAs 以及其调控机制仍有待于探究。
研究内容
欧易生物携手中国医学科学院医学生物学研究所，发现轮状病毒（Rotavirus， RV）编码的 small RNA RV-vsRNA1755 可以通过 PI3K/Akt/mTOR 通路靶向调控 IGF1R 触发宿主细胞自噬。通过 small RNA 测序分析确定研究对象 RV-vsR-NA1755，发现 RV 感染初期其通过靶向调控 IGF1R 导致 PI3K/Akt/mTOR 通路受到抑制，并触发了细胞自噬，但最终会抑制自噬体的成熟。
图 1 | 技术路线
图 2 | 预测 RV-vsRNA1755 前体序列
研究结果
1. small RNA 测序发现，Chr17_1755 在 RV 感染后表达量显著性升高，因此 Chr17_1755 可能是 RV 负责编码的 small RNA。
2. 通过 mirdeep2 预测 Chr17_1755 前体序列并将 PCR 产物与 RV NSP4 基因组比对，确定 RV-vsRNA1755 (Chr17_1755)来自于 RV，且由 NSP4 编码。
3. 通过 miRanda 靶基因预测、荧光素酶报告实验、qRT-PCR和 WB 等确定 RV-vsRNA1755 调控 PI3K/Akt 通路中 IGF1R 的表达。
4. 对不同感染阶段 Akt 和 mTOR 的磷酸化水平进行检测发现，在 RV 感染初期，PI3K/Akt/mTOR 通路被抑制，检测细胞自噬水平发现 RV 感染引起细胞自噬。
5. 过表达 RV-vsRNA1755 和沉默 IGF1R 均发现促进了 LC3II 的形成和 P62 的降解，同时细胞自噬水平升高。
参考文献
Zhou Y, Geng P, Liu Y, et al. Rotavirus-encoded virus-like small RNA triggers autophagy by targeting IGF1R via the PI3K/Akt/mTOR pathway. BBA-Mol Basis Dis 2018; 1864(1): 60-68. (IF: 5.476)
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