10x单细胞转录组测序

  


10x单细胞转录组测序

 

单细胞转录组测序是在单个细胞水平进行高通量转录组测序的一项新技术,能够有效解决细胞异质性以及bulk RNA-seq被掩盖的细胞群内转录组异质性难题,有助于发现新的稀有细胞类型,深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。

基于10x Genomics和BD RhapsodyTM平台可以实现单个样本数千甚至上万个单细胞群体分析,解决传统单细胞测序在通量或扩展性方面存在的不足,为单细胞研究开拓了新的思路。


产品介绍

△ 欧易生物单细胞转录组测序技术已通过10x Genomics CSP官方认证







技术优势

 

通量高:一次可以同时测8个样本,每个样本最多可以检测到上万个细胞

周期短:17分钟内完成上万个细胞封装,一天之内完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增以及建库

捕获效率高:细胞捕获效率高达65 %

应用范围广:动物细胞和植物细胞均可以进行单细胞测序,已广泛应用于肿瘤细胞异质性、免疫细胞群体检测和胚胎发育研究等

  





  

技术原理

 

10x Genomics的Chromium系统利用8通道的微流体“双十字”交叉系统,将含barcode的凝胶珠(Gel Beads)、细胞和酶的混合物、油三者混合,形成GEMs(油包水的微体系)GEMs形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列。

随后mRNA逆转录产生带有10× barcode和UMI信息的cDNA,构建标准测序文库。

 

 

△ Chromium Single Cell 3’Solution 中mRNA逆转录产生带有10x barcode和UMI信息的cDNA过程



  △ 反转录成cDNA之后,酶切打断,加上测序接头,构建二代测序文库




  

 
建库流程
 

 1)凝胶珠进入第一个进样口与细胞悬液和酶等混合,通过第二个进样口时被油滴包裹,形成GEMs,随后细胞裂解,凝胶珠溶解,进行逆转录

(2)油滴破裂,收集cDNA产物,进行cDNA扩增

(3)构建测序文库进行测序

 

 



样本要求

 

(1)样品总量:制备成细胞悬浮液,一个样本的细胞起始量需大于1x10 5个;

(2)样品浓度:最终上样前细胞浓度在700 - 1,200 cells / μL;

(3)细胞活性:活细胞数目在85 %以上;

(4)细胞大小:直径小于40 μm;

(5)细胞培养基及缓冲液不能含有Ca 2+和Mg 2+等影响酶活性的物质;

(6)组织需解离成单细胞悬液,植物细胞需制成原生质体。

  

 
 
预实验结果判断

 


图1
 
图2
 
图3
 
图1中死细胞太多,达不到上机要求,图2中杂质太多,建议通过细胞筛或者离心去杂质处理,图3的细胞是达到上机要求的。
 
 


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