Stereo-seq


「Stereo-seq」




Stereo-seq是基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,是具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术,可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录组分析。该技术通过时空芯片捕获组织中的mRNA,并通过时空条形码(Coordinate ID,CID)还原回空间位置,实现组织原位测序,为深入地了解细胞的基因表达及形态与局部环境之间的关系建立强大的研究基础。


该技术(Stereo-seq)首先将含有随机条形码序列的DNB沉积到经光刻蚀刻的经修饰的芯片上(步骤一)。与基于珠子的方法相比,使用滚环扩增放大产生的标记为DNB的随机条形码取得更大的空间条形码池,同时保持序列保真度。然后对阵列进行显微照相,用引物孵育并测序,以获得包含每个蚀刻DNB的坐标编码(CID)的数据矩阵(步骤二)。通过与CID杂交,在每个点上连接分子编码(MID)和含有寡核苷酸的polyT序列(步骤三)。下一步包括组织polyA尾RNA的捕获,通过将新鲜氮气冷冻组织切片加载到芯片表面,然后进行固定、渗透,最后进行逆转录和扩增(步骤四)。收集扩增后的cDNA,作为制备文库的模板,与CID一起进行测序(步骤五)。对测序数据进行计算分析,可以实现空间分辨的转录组学研究,其分辨率为500nm(步骤六)。


服务介绍


图 | Stereo-seq流程示意图






技术优势




空间高分辨率:华大的芯片上spot点密度高,即空间分辨率高。测序芯片上相邻的点之间的间距是500nm,该芯片的空间分辨率为500nm。通常,一个细胞的直径大约是10个um左右,也就是一个细胞对应到芯片上几百个spot点,所以500nm的分辨率可以达到亚细胞水平。相比之下,市场上其它空间组学产品远没有达到该分辨率。


捕获面积大:华大通用时空组芯片的检测面积是“1cm×1cm”大芯片。目前也提供0.5cm×0.5cm的小芯片。当然,您也可以根据需要定制不同尺寸的芯片,例如:2cm×3cm、5cm×5cm的芯片。最大可以达到13cm×13cm的大小。


单位面积捕获的基因更多:平行比较几家公司的空间平台单位面积上能够捕获到的UMI数量。可以看出,相同的检测面积华大芯片检测到的UMI数量明显优于其它其他公司的平台。





「欧易生物优势




成果转化行业领先:以文章产出为导向,时空多组学(单细胞转录组+空间转录组+空间代谢组)帮助客户转化文章超260篇(行业前3),致谢率80%(行业领先);挂名文章10篇(行业第1)


经验丰富:欧易是行业第一梯度开展高通量单细胞转录组和空间转录组的公司,空间转录组累计完成1000+项目,已完成切片的冰冻样本1500+、FFPE样本200+、样本类型50+


实验质控严格:针对于客户样本,对除了活性以外的碎片率、结团和细胞状态等做充分评估,保证数据质量


服务客户的使命必达:售后问题不推脱,解决迅速


欧易提供「团队式」的售后处理模式

  • 团队中技术支持作为项目主导,及时跟进项目,提供以下(但不限于)项目支持工作,包括分析内容解读,相关问题答疑,结果讨论,下一步工作计划,文章思路讨论,文章撰写建议等

  • 团队中销售主要跟进产出,提供结果交付,项目会议协调等工作

  • 团队中生信工程师提供单细胞相关标准分析、高级分析、个性化分析等内容的输出


「团队式」的售后处理模式项目跟进速度快:可随时联系到技术支持和分析人员,不额外设定分析次数(避免了分析超额多收费的现象),提供个性化分析内容(不会某些分析做不了或者不愿意尝试)


空转多组学联合转化行业第一

  • 欧易生物是第一个转化空转+空代多组学的公司(NC)

  • 欧易生物也是第一个同时转化单细胞+空转+空代的公司(NCB)

  • 空转整体发文量行业前3




「分析内容




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