「真核有参转录组测序」

转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的必然纽带。真核有参转录组测序是针对已有参考基因组的真核生物进行mRNA研究的技术，参考基因组可以是数据库收录的或自有组装基因组信息，分析策略为首先通过比对参考基因组获得基因表达定量信息，从而进一步分析其差异和功能变化。

转录组研究已经成为揭示生物生长发育调控、逆境胁迫适应机制、生物进化规律、疾病发生发展重要机制、发现致病基因调控关键靶点等多方面的重要研究手段。

「技术优势」

通量高、周期短：在较短的时间内，可以产生数以百万计的基因表达数据，可同时分析大量样本

全面性：不仅能够揭示所有外显子区域的信息，还可以检测到潜在的新基因、新转录本和剪接异构体等

灵敏度高：可以检测到非常低水平的基因表达

无偏性：相比于微阵列芯片，转录组测序不受先验知识的限制，可以更深入的了解基因表达信息，从而更好地发现新的生物学知识

技术稳定，结果可靠：可提供准确的基因表达定量信息，使得样品之间或不同实验之间的比较更具可靠性和可重复性

「欧易生物优势」

专业的技术操作人员：强复杂样本处理能力，超6000种样本类型处理经验

丰富的建库经验：十多年建库技术沉淀，链特异性建库，提高转录本/基因定量准确度

全面的分析内容：线上线下双平台分析，提供常规、高级、个性化分析内容

团队式的服务理念：专业技术支持团队、生信分析工程师及销售工程师，团队式项目处理

丰富的发文经验：已助力客户发表高水平文章4000+篇

「技术应用」

• 探究mRNA在病理或生理中的功能机制研究

• mRNA作为疾病诊断、预后和个性化治疗分子标志物（biomarker）

• 多组学联合研究

「分析内容」

「结果展示」

「案例分享」

TEA domain transcription factor 1(TEAD1) induces cardiac fibroblasts cells remodeling through BRD4/Wnt4 pathway

TEA 结构域转录因子 1（TEAD1） 通过 BRD4/Wnt4 通路诱导心肌成纤维细胞重塑

发表期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy | IF：39.3 | 实验材料：小鼠-心肌组织

研究内容

心脏成纤维细胞（CF）是负责沉积和重塑胶原蛋白的原代细胞，与心力衰竭（HF）显著相关。TEAD1已被证明对心脏发育和体内平衡至关重要。然而，成纤维细胞内源性TEAD1在心脏重塑中的应用仍不完全清楚。

RNA-seq分析显示，在横主动脉收缩（TAC）和Ang-II输注后4周，小鼠心脏TEAD1表达持续上调。进一步研究表明，CF是表达TEAD1水平升高的主要细胞类型，以响应压力过载。通过将TEAD1-floxed小鼠与CFs和肌成纤维细胞特异性Cre小鼠杂交来实现条件性TEAD1敲除。超声心动图和组织学分析表明，CF和肌成纤维细胞特异性TEAD1缺乏症用TEAD1抑制剂VT103治疗可改善TAC诱导的心脏重塑。从机制上讲，RNA-seq和ChIP-seq分析将Wnt4确定为一种新的TEAD1靶标。TEAD1已被证明通过Wnt信号通路促进成纤维细胞向肌成纤维细胞的转变，并且Wnt4基因敲低抑制了具有TEAD1过表达的CF中的促转化表型。

此外，免疫共沉淀结合质谱、染色质免疫沉淀和荧光素酶测定表明TEAD1和BET蛋白BRD4之间存在相互作用，导致Wnt4启动子的结合和激活。总之，TEAD1是通过BRD4/Wnt4信号通路与病理性心脏重塑相关的促纤维化CFs表型的重要调节因子。

图 | TEAD1在人和小鼠重塑心脏中的表达增加

「案例分享」

Significance of phosphorus deficiency for the mitigation of mercury toxicity in the Robinia pseudoacacia L.–rhizobia symbiotic association

缺磷对减轻刺槐-根瘤菌共生关系中汞毒性的意义

发表期刊：Journal of Hazardous Materials | IF：13.6 | 实验材料：刺槐-根、叶

研究内容

固氮（N2）豆科植物可用于有毒重金属汞（Hg）污染土壤的植物修复，但N2 高度依赖于磷（P）的可用性来形成根瘤和发挥作用。本研究中，作者表征了P缺乏对木本豆科植物Hg积累和毒性的意义。在气候和土壤背景不同的2种刺槐（Robinia pseudoacacia L.）幼苗（一种来自西北的甘肃省；一种来自东北地区）的代谢产物和转录组水平上，分别以及联合表征了根瘤菌接种、Hg暴露（+Hg）和低P（-P）供应对叶面和根部性状的影响。

研究结果表明，缺P在转录水平上减轻了Hg的毒性。在刺槐叶片中，-P可降低氧化应激，改善C、N、P营养的利用策略；在根系中，缺P调节清除氧化应激和促进细胞膜合成的基因表达。接种根瘤菌通过促进光合作用显著改善了两种刺槐在单独/组合+Hg和-P条件下的表现：尽管汞吸收增加，但叶片氮和磷含量增加以及减少H₂O₂和MDA积累。与甘肃省植株相比，东北地区植株发育出更多的根瘤，具有更高的生物量和更高的汞含量，因此被认为是未来对P缺乏的汞污染土壤进行植物修复的高潜力刺槐种。

图 | 刺槐幼苗根和叶片转录组的PCA分析以及差异基因分析

图 | 不同因素对两种刺槐根、叶差异基因的共表达分析

「送样指南」

关于样本量说明：total RNA≥10pg，可进行微量转录组测序，其与转录组测序的区别在于前期进行的是微量建库

样本采集与处理

• 样品类型：细胞、新鲜组织或 RNA 样品

• 细胞样品培养诱导结束后，去除培养液，加入适量专门的细胞裂解液，投入液氮冷冻，然后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存

• 全血样本应分离白细胞后，加入适量专门的细胞裂解液，投入液氮冷冻，然后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存；

• 动物组织准确切取所需组织后，在RNase-free的生理盐水中迅速漂洗样本，以去除血渍和污物。用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织，迅速投入液氮冷却。后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存

• 临床标本准确切取所需组织后，用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织，立即投入液氮冷冻。后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存

• 植物组织准确取得所需组织后，立即放入进口冻存管中，投入液氮冷冻，然后于液氮中存放或转入-80° C超低温冰箱保存

• 动物体液样本（如唾液、尿液、骨髓等）在获取后，立即放入进口冻存管中，投入液氮冷冻，然后于液氮中存放或转入-80°C超低温冰箱保存

「常见问题」

1、生物学重复是必须的吗？一般要重复几次？

是的。一般应该重复 3 次以上，具体情况需要根据具体实验来决定。样本数量越多统计学意义越大。

2、转录组测序是否可以同时检测 mRNA、miRNA 及其他非编码 RNA？

理论上技术是可行的，但是通常会根据测序对象长度的不同，在测序建库的时候会选择不同的片段大小，测序读长也会有不同。一般来讲，如果要进行 small RNA 测序的话，通常将 microRNA 分离出来，单独进行测序。mRNA 测序，通常建库时选择 200-300 bp 大小片段，采用 125 PE/150 PE 测序。而长链非编码 RNA（lncRNA）存在正向转录和反向转录，所以常采用去除 rRNA 后进行链特异性建库测序原则。

3、转录组测序需要多少测序量？

由于转录组测序需要进行表达量的分析，因此不推荐使用覆盖度，在确定测序量时，我们以产生的reads数作为依据。转录组测序所需的测序量随物种转录组大小的不同而有所差异。而转录组的大小受基因数目和丰度双重影响，不同物种间变化很大。因此在测序之前，需要对转录组的大小进行评估。针对有参考基因组的物种，可通过分析基因组信息，统计编码基因个数及其碱基数来评估转录组的大小，同时也可参考相近或相关物种转录组研究的文章；针对无参考基因组的物种，只能参考相近物种的转录组大小。

4、为什么在细胞通路中编码同一个酶的基因有的会上调，有的下调？

编码同一个酶包含多个基因，也可能是同一个基因家族中各个基因，同时出现上调和下调的情况属于比较常见的现象。