单细胞技术的革新正在突破生命科学研究的认知边界。传统Bulk测序将细胞群体简化为均质化样本,模糊了细胞异质性带来的生物学意义。以10x Genomics为代表的单细胞技术平台的出现,使科学家能够在分子层面对单个细胞进行“显微解剖”,解释组织微环境、发育轨迹和疾病状态的复杂景观。
近年来,单细胞技术持续迭代,依托微流控技术革新与人工智能算法突破,研究范式正从定性解析迈向动态全景分析。10x Genomics推出的GEM-X单细胞解决方案,以性能破界助力科学家对生命最小单元发起更深层次的对话。
图1. Chromium X仪器以及GEM-X single Cell 单细胞3’试剂套装V4
全面升级
目前欧易生物正式提供GEM-X 3’单细胞转录组解决方案,升级的试剂搭载于Chromium X系列仪器,在原有版本的基础上进行了参数的全面升级,其核心优势包括:
1. 微流控芯片升级:油包水(GEM)的形成将更加快速、稳定。运行时间从18分钟缩短至6分钟,大幅降低脆弱细胞(如中性粒细胞)的机械应激损伤。
图2. GEM-X下机数据里中性细胞捕获效果显著提升
2. 数据质量突破:相同测序深度下,单个细胞的基因检测数量提升50-80%,低丰度基因的捕获灵敏度也有显著增强。
图3. 不同组织V3.1以及GEM-X(V4)基因中位值对比
3. 通量翻倍与效率跃升:每个通道能够捕获的细胞数量相较V3.1进行了翻倍,目前每个通道最多可以捕获20000个细胞。在提高通量的同时,捕获效率也迎来了提升。
4. 多胞率下降:在单细胞检测中,数量稀少但关键的细胞群体的捕获一直是一个难题,如果要检出此类细胞,捕获效率、通量以及多胞率三个指标都要做到质变。GEM-X的多胞率相较于V3.1,有着百分之五十的下降,极大增加了捕获稀少细胞类型的机率。
图5. V3.1以及GEM-X(V4)多胞率对比
欧易生物实测数据展示:
样本名称 | 捕获细胞数 | 基因中位值 | UMI中位值 |
小鼠脑 | 17xxx | 19xx | 40xx |
小鼠棕色脂肪 | 18xxx | 22xx | 49xx |
小鼠脑 | 14xxx | 30xx | 69xx |
小鼠耳蜗 | 12xxx | 22xx | 38xx |
小鼠心脏 | 11xxx | 29xx | 74xx |
人胃癌活检 | 12xxx | 23xx | 68xx |
人肝癌 | 14xxx | 22xx | 46xx |
人肝癌 | 15xxx | 23xx | 49xx |
人肠道 | 15xxx | 28xx | 64xx |
欧易生物目前已开启GEM-X 单细胞3’转录组解决方案订购,邀请各位科学家一起向单细胞新时代发起挑战。