优秀客户案例1
Enhanced sustainable green revolution yield via nitrogen-responsive chromatin modulation in rice
期刊：Science 影响因子：41.037
中国科学院遗传与发育生物学研究所吴昆博士和王栓锁博士为论文共同第一作者；酵母文库实验由欧易生物完成
研究背景
上世纪60年代，以半矮化育种为特征的第一次“绿色革命”，使得全世界水稻和小麦产量翻了一番。在水稻中，培育半矮杆水稻主要是利用赤霉素合成基因 SD1 的等位突变体，SD1基因的突变会导致水稻体内抑制植物生长的 DELLA 蛋白高水平积累，使矮化品种具有耐高肥、抗倒伏和高产的优良特性，但同时也伴随着氮肥利用效率下降、产量对化肥依赖性高的缺点。氮肥的大量使用不利于农业可持续发展，如何减少农业生产中的氮肥投入并持续提高谷物产量，已成为当前农业可持续发展亟待解决的重大问题。
研究内容
本研究发现，水稻 NGR5 基因是植物氮素响应的一个正向调控因子，氮素通过 NGR5 促进水稻分蘖。NGR5 会招募 PRC2 蛋白复合体，二者共同介导染色质 H3K27me3 的表观修饰，进而负向调控分枝抑制基因（如 D14、OsSPL14 ）的表达。研究发现，NGR5 是赤霉素信号传递的一个新途径，赤霉素受体 GID1 会直接结合 NGR5 导致其发生降解。同时发现，DELLA 蛋白介导的氮素依赖性分蘖调控能力也依赖于 NGR5。
图1. 赤霉素信号传导新机制调控水稻分蘖的氮素响应
研究结论
1. 获得了控制水稻氮肥利用效率的关键基因NGR5 ，并证实NGR5是水稻生长发育（株高、分蘖和每穗粒数等农艺性状）响应氮素的正调控因子
2. NGR5 可以招募 PRC2 蛋白复合体共同调控 H3K27me3 修饰水平，进而调控与分蘖相关基因（如分蘖抑制基因 D14、OsSPL14）的表达
3. NGR5 对于赤霉素的响应是独立于 DELLA 途径的，并且与 DELLA 之间存在于赤霉素受体 GID1 的竞争关系。而 GID1 可以调控 NGR5 的降解
DOI: 10.1126/science.aaz2046
文章解读：https://mp.weixin.qq.com/s/1jhCxgzOBM90qVKW_6m__A
优秀客户案例2
Integrated proteogenomic characterization of medullary thyroid carcinoma
期刊：Cell Discovery 影响因子：38.079
全外显子组、转录组、甲基化组、常规蛋白组和磷酸化蛋白组检测及主要生信分析服务由欧易生物完成
研究背景
甲状腺髓样癌（MTC）是一种来源于甲状腺滤泡旁细胞（C细胞）的神经内分泌恶性肿瘤，临床较为罕见。这一疾病具有较高的遗传倾向及复发转移潜能，综合分析其从基因型到表型的异质性有助于作出深入理解。同时，晚期MTC患者治疗选择有限，且面临药物毒性强、耐药风险高等问题，故迫切需要在了解其分子特征的基础上，为该类患者群体提供更为精准的治疗策略。然而，到目前为止仍然缺乏关于MTC的多组学数据以提供较为扎实的研究资源，限制了对这一疾病的进一步认知以及相关深层次研究。
研究内容
本研究通过全外显子组测序、RNA测序、DNA甲基化芯片、蛋白质组和磷酸化蛋白质组学分析，全面展示了102个MTC患者的多组学全景图谱。综合分析发现，独立于已被证实占据主导致癌作用的RET及RAS基因之外，BRAF和NF1基因是本队列中新发现的MTC驱动基因。另外，研究中基于蛋白质组学深度分析，揭示了异质性明显的三种MTC分子亚型，作者将其分别命名为：代谢型、基底型和间质型。这三种蛋白亚型在遗传驱动因素、表观遗传修饰谱、临床病理因素和临床结果等方面均有显著不同。
此外，本研究又进一步根据多组学分析结果探索并描绘了每种亚型的假定治疗靶点，如预后最差的间质型存在多种已获批或在研酪氨酸激酶抑制剂（TKI）药物靶点表达水平的升高，这些研究结果有助于深入理解此疾病，并有潜力进行后续临床转化。
图1. 蛋白质基因组学研究概要
研究结论
1. 作者通过全面多组学综合分析，发现MTC新的潜在驱动基因，并提出分子异质性明显的三种MTC蛋白质组亚型——代谢型、基底型和间质型，在分析每个亚型典型特征的基础上探索假定治疗靶点。
2. 本研究提供了迄今为止最大、最全面的MTC多组学分析数据，极大的拓宽了研究者对MTC生物学特征及肿瘤异质性的理解，并在提出治疗假设的同时服务于后续临床转化，为这种相对罕见肿瘤的临床前研究及临床试验打下基础、为本研究领域提供了大量宝贵的研究资源.
DOI: 10.1038/s41421-022-00479-y
文章解读：https://mp.weixin.qq.com/s/2OoUuPjEW7dck49pnnzJAg