BRIG[1]是一款功能强大的分析及可视化软件，操作简单，界面友好，能够在一张图中展示近百个基因组比较结果。BRIG是由Java1.6编写的，使用BLAST进行基因组的比对分析并使用CGView进行图像的生成。
先来康康BRIG做的图，是不是您的比较基因组分析所需要的吧：
一、软件下载：Java，BLAST以及BRIG1.1
1.1 Java下载，根据自己电脑下载对应的java
https://www.java.com/zh-CN/download/manual.jsp
1.2 BLAST下载，可选择blast的版本，一般版本都可以。
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/
Java和BLAST+，简单安装后即可使用，将Java和BLAST+添加到环境变量中，可以在windows高级系统设置中的环境变量进行设置。
1.3 BRIG1.1下载
下载地址：http://sourceforge.net/projects/brig/
BRIG-0.95-dist.zip解压后。点击BRIG.jar即可使用
点击后运行界面就如下图所示
二 、数据准备
在这里以细菌为例，一般选择完成图，如果是草图需要合并成一条fasta序列，在这里我们以lactobacillus gasseri 为例，准备一株菌当做参考基因组，并下载Genbank文件。
三、软件使用
3.1 通过Preferences >BRIG options，设置blast软件路径,点击Save settings as default，如下图所示
注：Pesferences选项下的 Image options，如果后面出图不完整，可以设置Height和width，改到合适的大小后save&close
3.2 选择分析参考基因组，单击Add to data pool将输入文件夹中的序列添加到BRIG data pool，单击next
3.3 点击next后，出现界面如下如所示，需要设置每一圈信息
3.3.1 设置第一圈，即Ring1 ，Ring1一般为GC_Skew
3.3.2 设置第二圈，即Ring2，Ring2一般为GC content
3.3.3 设置第第三圈及其余圈 ,和第二圈的操作是一样的，我这边就以第三圈为例
3.3.4 最终设置后的界面如下
如果不需要最完全注释信息，可以点击next，出现一下以下界面，设置后，点击提交即可。
简单的图就出来啦~~~图就出来啦~~~
四、添加注释信息
如果有想给圈图添加注释信息的小伙伴，可以通过Add custom feature按钮，进入基因注释信息编辑栏。
注释信息的添加有四种方式：Single entry（即编辑单个基因）、Tab-delimited（导入xls文件）、Genbank（添加gbk文件）、Embl（添加embl文件）。
在这里我们主要操作展示添加Genbank的注释信息方法：
4.1 设置注释信息
4.2 完成后点击close，然后点击next，出现一下以下界面，设置后，点击提交即可。
好啦，今天分享的BRIG绘制圈图寄到这里啦！心动不如行动，各位老师们操练起来吧！
参考文献
[1] Alikhan N F , Petty N K , Zakour N , et al. BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome comparisons[J]. Bmc Genomics, 2011, 12
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