「illumina 935K甲基化芯片」

大量研究表明DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传递基因组遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生，起着至关重要的作用。

Illumina 935K甲基化芯片是一种全基因组甲基化筛选工具，靶向人类甲基化组具有生物学意义的区域中超过935,000个CpG位点，覆盖了CpG岛、启动子、编码区及增强子。该芯片保留了以单核苷酸分辨率定量分析全基因组CpG 的能力，同时提供高度准确的甲基化测量，不受测序深度的影响，可应用于FFPE样本。

• 可直接准确检测到发生甲基化的位点，而非发生甲基化的区段技术重现性为 98%

• 配套的甲基化专业分析软件 GenomeStudio Methylation software，便于科研工作者个性化分析

• 一体化工作平台，无需 PCR，上样量≥250 ng

• 每张芯片可平行进行 8 个样本的检测

• 可检测 FFPE 样本

专业的技术操作人员：复杂样本处理能力强，超6000种样本类型处理经验

丰富的建库经验：十多年建库技术沉淀，链特异性建库，提高转录本/基因定量准确度

深入的分析内容：提供常规、高级、个性化分析内容，可根据客户需求调整出图

靠谱的服务理念：专业技术支持团队、生信分析工程师及销售工程师，团队式项目处理

丰富的发文经验：已助力客户发表高水平文章4000+篇

• 探究病理或生理过程中的甲基化模式

• DNA甲基化在病理或生理中的功能机制研究

• DNA甲基化作为疾病诊断、预后和个性化治疗的新型的分子标志物（biomarker）

「结果展示」

「案例展示」

研究背景

皮肤鳞状细胞癌（cSCC）是较为常见的皮肤癌。cSCC 通常从 UV 诱导的癌前病变光化性角化病（AK）发展而来。虽然利用RNAseq 等技术研究此类癌前病变的报道较多，但 AK 的病因学及其向 cSCC 的进展仍未得以充分阐明。

研究内容

文章利用 MethlationEPIC 甲基化芯片，对 AK、cSCC 和健康对照样品进行甲基化水平的检测。结果显示一部分 AK 样品中甲基化模式与 cSCC 高度相似，呈现出典型的肿瘤甲基化特性；而另一部分 AK 样品与健康对照样品甲基化模式类似。这一结果表明 AK 和 cSCC 存在两种亚型，并分别起源于不同的角质形成细胞分化阶段。

研究结果

• 利用 MethlationEPIC 甲基化芯片对 16 例 AK、18 例 cSCC、12 例健康对照样品进行检测，散点图显示 AK与cSCC 样品的 aberrant methylation pattern 具有相似性。

• 肿瘤甲基化组具有特定的特征，包括核纤层关联域（LADs）低甲基化、CpG 岛高甲基化。对 AK 和 cSCC 样品的甲基化位点统计发现，癌前样品 AK 已经具有了肿瘤的甲基化组特征。

• AK 和 cSCC 样品的甲基化组还具有高的 non-CpG 甲基化水平，表明两类样品具有干细胞甲基化组的特征。

• 针对角蛋白基因簇差异甲基化分析显示，在 AK 和 cSCC 样品中存在两种不同的角蛋白甲基化模式。

• 根据 MethylationEPIC 芯片中的增强子区域探针的甲基化水平进行聚类分析，结果显示 AK 和 cSCC 样品各自可以划分为两个大类：一类与角质形成细胞密切相关，一类与胚胎干细胞相关。这一结果表明 AK/cSCC 的两个亚型分别起源于不同的细胞类型。

参考文献

「送样指南」

样本采集与处理

• 样品类型：细胞、新鲜组织、血液或 DNA 样品

• 样品质量：基因组 DNA 无明显降解，主带清晰，OD 260/280 值在 1.8 - 2.0 之间，无明显弥散

• 样品保存：血液样品、细胞样品或新鲜组织块（切成 50 mg 的小块）可液氮冻存后，-80°C 保存，DNA 样品可溶于乙醇或超纯水中，-80°C 保存，样品保存期间避免反复冻融

• 样品置于 1.5 ml 进口冻存管中，封口膜封好

「常见问题」

Q1 什么情况下选择做甲基化 935K 芯片? 需要多少生物学重复合适?

首先物种是人，需要甲基化分析分辨率达到单碱基水平。

• 细胞样本推荐生物学重复 3 例以上

• 临床组织样本推荐 5 例以上

• 血液类样本推荐 10 例以上

• EWAS 研究推荐 500 例以上

Q2甲基化芯片数据可以进行哪些方向的分析研究？

• 常规组间差异比较通过实验组和对照组的甲基化位点的水平差异程度来寻找差异甲基化位点 通常适合样本量比较少的组间差异分析，结合生物统计学 pvalue 和 FDR 筛选组间具有显著性差异的甲基化位点。

• 表观基因组关联分析(EWAS)研究通过表型数据与芯片位点数据的关联分析寻找和特定表型相关的关联位点，适合大样本群体(>500 对样本)研究。

Q3甲基化芯片可检测到哪些位点？

Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit芯片可检测935,000个CpG位点，相比其前代产品MethylationEPIC v1.0（850K甲基化芯片），EPIC v2.0上新增186,000个CpG靶向增强子和超级增强子、更多CTCF结合位点、CNV检测区域、EPIC v1.0覆盖不足的CpG岛以及常见癌症驱动突变。

Q4甲基化芯片可以与哪些组学进行联合?

DNA 甲基化数据属干表观遗传研究范畴目前有以下几种组学联合思路：

• 与转录组学联合研究：现有研究发现，DNA 甲基化对基因转录调控有影响，尤其是基因启动子区域高甲基化将抑制基因表达，同时，基因 body 区域高甲基化将激活基因转录，因此甲基化芯片数据与转录组数据联合分析，可以解释 DNA 甲基化变化对基因转录表达的影响，进而对细胞功能的影响。

• 与 SNP 和表型联合研究：基因组 SNP 多态性位点附近如果存在甲基化位点则很可能会影响 DNA 甲基化状态，将 SNP 与甲基化联合研究，通过 mQTL 分析，可以找到与甲基化水平显著相关的 SNP 位点，并进一步研究是否通过 SNP 影响甲基化水平，进而影响表型。